常见内分泌遗传病的基因检测--深圳儿童医院.pptVIP

高级的诊断技术--CMA和NGS测序 疾病概述 （二）片段分析技术 动态突变： 动态突变是指DNA中的核苷酸（主要为三核苷酸）重复序列的拷贝数发生扩增而产生的突变。动态突变伴随着世代的传递而不断扩增，重复序列的拷贝数越来越多，在达到一定的倍数后就导致疾病的发生，其发病率和疾病的严重性也逐代升高加重。 eg:脆性X综合征是由FMR1基因（Xq27.3）的CGG重复数扩增而引起的，正常人重复数为6~45次，前突变为55-200，全突变则200次。需联合应用std-PCR及TP-PCR技术诊断脆性X综合征。 片段分析主要适用项目（动态突变） SCA（脊髓小脑共济失调） FRDA（Friedreich共济失调） HD（亨廷顿舞蹈病） KD（肯尼迪病） DM（强直性肌营养不良） FraX（脆性X综合征） SCA3 片段分析 （三）Sanger测序 确定一条染色体片断上的碱基顺序。 Sanger法： 在PCR时加入荧光标记的复制终止剂，比如ddA,ddT,ddC,ddG（相应于4种碱基） ddX的两个作用： 可以当作正常碱基参与复制 一旦链入DNA中，其后就不能再继续连接 电泳 谁终止，碱基就是谁 此方法获1974年的Nobel奖 由Illumina开发，TruSight One Sequencing Panel全面覆盖4,813个与临床表型相关的基因。实验室可分析panel上的全部基因，或有选择地关注特定亚群。通过这种方式，单个panel可有效代表整个新一代测序组合。 NGS的应用:Kallmann综合征（Kallmann syndrome） Kallmann综合征又称促性腺激素分泌不足的性腺功能减退伴嗅觉丧失症。 本病呈家族性或散发性，男女均可发病，男性发病率约为1/10 000，女性发病率约为1/50 000。 对与Kallmann syndrome关联的6个基因(CHD7 FGF8 PROKR2 FGFR1 KAL1 PROK2)进行全基因测序，有助于发现更多的Kallmann syndrome患者的遗传变异。 糖原累积症 糖原累积症是一组参与糖原合成或分解的酶缺乏引起的疾病。 主要临床表现有：肝脏肿大显著，表面光滑，中度硬度，无触痛，无黄疸，脾不大。 本次课程总结 1、常见的基因检测方法 2、如何选择基因检测项目 遗传代谢病 脑血管病 性别发育障碍 性别发育障碍 性别发育障碍 MLPA技术特点 MLPA应用范围 染色体异常（数目、重排、染色体亚端粒区域的基因拷贝数变化 ） 遗传疾病基因缺失、重复分析 单核苷酸多态性(SNP)和突变检测 基因甲基化检测 肿瘤诊断与治疗方面的应用 mRNA研究等 案例一 特殊PCR方法 std-PCR原理 由正反向引物扩增包含了重复序列的目的片段，检测目 的片段的长度，从而计算出重复区的重复次数。 TP-PCR原理 PCR的反向引物被设计与致病基因的重复序列进行杂交。各种大 小不一的序列在三重PCR反应中被扩增出来。如果重复数量增加 了，一个明显的PCR产物轮廓（梯形轮廓）会在峰图中出现。 分析流程 记录SNP编号和命名 是 否 突变命名 查数据库 错义突变 Polyphen预测 非编码区 同义突变 剪接位点预测 Google查询 图形质量判断 查SNP位点 合格 结果解释 测序图形数据分析 BTD基因测序结果 父亲 患儿 母亲 c.637delC c.1387TG c.1387TG c.637delC 正常型 正常型 （四）高通量测序 高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation” sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。 NGS主流平台包括Roche 454焦磷酸测序、Illumina Solexa 合成测序、ABI SOLiD连接法测序、单分子测序技术以及由life techlogies 公司推出的Ion Torrent PGM（Personal?Genome?Machine个体化操作基因组测序仪）半导体测序技术。 ? ? 传统的分子遗传检测 一个项目检测一种疾病 某些复杂遗传病十分复杂，十分难以有效检测： ALS 智力障碍 肢带型肌营养不良 酶学分析 粘多糖症 脑白质病-ASA Krabbe病 肌肉病理 LGMD免疫组化 染色体与分子 生化 与 酶学 形态 分子 通量↑ 检测能力↑ Life: Ion torrent PGM; Ion proton Illumina miseq