药物配体与生物大分子受体相互作用核磁共振的研究进展.docVIP

评述与进展 药物配体与生物大分子受体 相互作用核磁共振的研究进展 纪竹生 1,2　 刘买利 2　 胡继明 31 1 (武汉大学分析测试中心 , 武汉 2( 摘 　 要 　 , 。 如何 , 是制药工业普遍关注的问题 。 核磁 。检测小分子配体信号在作用 , 是核磁共振进行药物筛选的主要方法之一 。 本文介绍了近年来这方面的研究 进展 。 关键词 　 核磁共振 , 药物筛选 , 评述 　 2002212222收稿 ;2003205226接受 本文系中国科学院武汉物理与数学研究所波谱与原子分子物理国家重点实验室资助课题 (No. 991508 1　 引 　　 言 大多数药物分子均通过与生物体内的大分子 (如蛋白质 结合起作用 。因而要得到一个具有良好 生物利用度 (bio 2availability 、 代谢稳定性和低毒性的药物 , 首先必须寻找到和生物靶分子高度亲和性 和选择性结合的分子 (通常称为先导化合物 ,lead compound 。 为了能快速地寻找到这种分子 , 近 20年 来人们研究了许多方法 。 这些方法主要涉及两个过程 :即寻找先导化合物 , 然后对其进行优化 [1]。前 一过程涉及到与靶分子相互作用且能抑制其体外活性的药物分子的识别 , 后一过程则是根据体外活性 、 生物利用度 、 药理和毒理性质对潜在药物进行优化 。在以结构为基础的药物设计过程中 , 核磁共振 (NMR 方法被典型地用于先导化合物的优化 , 该研究包括蛋白质或蛋白质 2配体络合物的溶液结构测 定和用同位素编辑 /滤波或核 Overhauser 效应 (nuclear Overhauser effect , NOE 技术迅速测定在蛋白 2配体络合物中配体的结构 [2]。最近 , 人们发现 NMR 也可以用于药物发现过程中寻找先导化合物 [3]。 在该应用中 , 核磁共振被用于快速 、 高效地测定分子间的相互作用 , 在原子水平上获得信息 , 指导以结构 为基础的药物设计 。 在配体与受体发生作用时 , 许多 NMR 参数将发生变化 , 这就是 NMR 能用于药物筛选的主要原 因 。 NMR 可用多种方法测定药物和蛋白的相互作用 , 如化学位移变化 、 线宽变化 、 转移 NOE 及脉冲梯 度场实验 (pulsed 2field gradient , PF G 等 [4~11]。这些方法可以分为检测蛋白信号和检测配体信号 。前 一类型的主要代表为 SAR by NMR (structure activity relationship by NMR [12], 该方法需要知道靶蛋白确 切的三维结构 , 同时还必须有足够量的 15N 标记的靶蛋白 , 因此具有一定的局限性 。后一类型则采用脉 冲梯度扩散测量 、 转移 NOE 或 NMR 线加宽来检测小分子配体信号 。与观测蛋白信号相比 , 观测配体 信号有很多优点 , 同时观测混合物中所有小分子信号有助于识别与靶蛋白结合的特定成分而无须去卷 积 。 更重要的是 , 直接观测配体 , 排除了对蛋白进行同位素标记的需要 , 因而允许目标蛋白有较大的分 子量 。 正是这两点限制了 SAR by NMR 的应用 。 本文将介绍这些技术的近期发展 。 2　 亲和磁共振 (aff inity NMR 亲和磁共振是近年来出现的一种研究受体 2配体相互作用的方法 [13], 它将与特殊受体有结合作用 第 32卷 2004年 11月 分析化学 (FENXI HUAXU E 　 研究报告 Chinese Journal of Analytical Chemistry 第 11期 1421~1425 的活性配体从与非活性化合物组成的混合物中识别出来 。 由于亲和磁共振不需要对混合物进行物理分 离 , 也不需要去卷积步骤 , 因此它能提高药物筛选的效率和准确性 。亲和磁共振方法的基本前提是 :当 配体与受体结合时 , 该低分子量配体的扩散速率发生明显的变化 , 其结果是结合和非结合配体的扩散系 数明显不同 , 从而允许采用 PF G 实验 [14,15]从该配体和众多与靶蛋白无结合作用的分子的混合物中对 该配体进行识别 。 PF G 实验常用于测定分子的扩散系数 , 该实验常用的两个脉冲序列为纵向涡流延迟 (longitudinal eddy 2current delay , L ED [16]和双极性脉冲纵向涡流延迟 (bipolar pulse longitudinal eddy 2delay , BPP 2L ED [17]。 通过增加梯度强度或持续时间 ,L ED 和 BPP 2L ED 序列可以扩展为多维形式 , 其中一个轴表 示的是扩散系数 。 这两个序列也可以和传统的多维 NMR 实验相结合 , 。 简