生物信息学期末考试答案.pdfVIP

一、名词 Bioinformatics ：生物信息学——是一门综合运用生物学、数学、物理学、信息科学以及计算机科 学等诸多学科的理论方法，以互联网为媒介、数据库为载体、利用数学和计算机科学对生物学数据进行 储存、检索和处理分析，并进一步挖掘和解读生物学数据。 Consensus sequence ：共有序列——决定启动序列的转录活性大小。各种原核启动序列特定区域内 （通常在转录起始点上游 -10 及 -35 区域）存在共有序列，是在两个或多个同源序列的每一个位置上多 数出现的核苷酸或氨基酸组成的序列。 Data mining ：数据挖掘——数据挖掘一般是指从大量的数据中自动搜索隐藏于其中的有着特殊关 系性的信息的过程。数据挖掘通常是利用计算方法分析生物数据，即根据核酸序列预测蛋白质序列、结 构、功能的算法等，实现对现有数据库中的数据进行发掘。 EST：(Expressed Sequence Tag) 表达 序列标签——是某个基因 cDNA克隆测序所得的部分序列片段， 长度大约为 200~600bp 。 Similarity ：相似性——是直接的连续的数量关系，是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标 序列之间相同 DNA碱基或氨基酸残基顺序所占比例的高低。 Homology：同源性——是两个对象间的肯定或者否定的关系。 如两个基因在进化上是否曾具有共同 祖先。从足够的相似性能够判定二者之间的同源性。 Alignment ： 比对——从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点，以期能够推测它们 的结构、功能以及进化上的联系。或是指为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们 按照一定的规律排列。 BLOSUM：模块替换矩阵——是指在对蛋白质数据库搜索时，采用不同的相似性分数矩阵进行检索的 相似性矩阵。以序列片段为基础，从蛋白质模块数据库 BLOCKS中找出一组替换矩阵，用于解决序列的 远距离相关。 在构建矩阵过程中，通过设置最小相同残基数百分比将序列片段整合在一起，以避免由于 同一个残基对被重复计数而引入的任何潜在的偏差。在每一片段中，计算出每个残基位置的平均贡献， 使得整个片段可以有效地被看作为单一序列。通过设置不同的百分比，产生了不同矩阵。 PAM(Point Accepted Mutation) ：突变数据矩阵 PAM即可接受点突变——指 1 个 PAM表示 100 个残 基中发生一个残基突变概率的进化距离。在序列比对中，能够反映一个氨基酸发生改变的概率与两个氨 基酸随机出现的概率的比值的矩阵。 Contig ：叠连群——是指一组相互两两头尾拼接的可装配成长片段的 DNA序列克隆群，也指彼此间 可通过重叠序列而连接成连续的、扩展的、不间断的 DNA序列的交叠片段产物。通过比对不同的序列， 我们能够发现片段的顺序，并且 contigs 能被添加、删除、重排列来形成新的序列。 Phylogenetic tree ： 系统发生树又称为演化树（ evolutionary tree ）——是表明被认为具有共同 祖先的各物种间演化关系的树，是一种亲缘分支分类方法。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同 祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间） 。它用来表示系统发生研究的结果，用 它描述物种之间的进化关系。 In Silico Cloning ：电子克隆——是近年来发展起来的一门基于表达序列标签（ ESTs）的快速克 隆基因的新技术，其利用种子序列从 EST及 UniGene 数据库中搜索相似性序列，进行拼装、检索、分析 等，以此获得目标基因的全长 cDNA，在此基础上也能够实现基因作图定位。 二、问题思考 1、生物信息学这门学科是如何发展起来的？ 答：生物学数据爆炸式增长 生物大分子数据库相继建立 生物技术与计算机技术并行飞速发展 Internet 的广泛应用 人类基因组计划（ HGP）的推动 生物信息学的产生是生命科学发展的必然。 2、举例说明生物信息学的主要应用？