酿酒酵母中的转录调控网络.PDFVIP

酿酒酵母中的转录调控网络 小组成员： 生信1301 唐聪，包健宇 ，杨帆 摘要： 我们已经确定转录因子如何在真核生物酿酒酵母中编码通 过活细胞中的整个基因组基因。正如代谢网络图描述，可以由 一个细胞来完成代谢过程的潜在途径，这网络调节基因的相互 作用描述了酵母细胞可以通过潜在途径调节全局基因表达程序。 我们使用此信息来确定网络结构，最简单的网络结构单元，并 且展示了一个可使用基序的转录调控网络的结构组装的自动过 程。我们的研究结果表明，真核细胞的功能高度相关联的通过 可调节其他转录元件的转录调控元件网络。 实验设计： 第一步：标记并筛选 用全基因组定位分析来研究酵母转录调控因子如何在基因组中绑 定到启动子序列。选定酵母蛋白质组数据库中的且反映出与DNA 结合并拥有转录活性的所有141转录因子用以研究。 方法：酵母转录调节器通过引入了原癌基因的表位标签的编码序列被标记，然后 进入每个调节器正常的基因组位点。以这种方式构建106株酵母菌株，其表达可以在合 适的生长条件进行检测。对106株的进行Chip （染色体免疫共沉淀）。通过ChiP程序富 集的启动子区通过与含有全基因组组酵母启动子区域的芯片杂交被鉴定。 为什么只有106株呢？ • 通过聚合酶链反应和免疫印迹分析证实标记的适当插入和标记蛋白的表达。 但标记的导入可能会影响某些转录调节的功能。在141转录因子其中有17个， 尽管尝试标记每个调节器三次，也无法获得可行的标记细胞。在酵母细胞在 培养基中生长时，在可检测水平上检测，不是所有的转录调节器都按预期可 检测出表达，通过免疫印迹分析表明，124株标记的调节蛋白只有106株可检 测出。 第二步：全基因组位置分析实验 • 将106株被标记的酵母菌株每个在三个独立（酵母提取物，蛋白胨， 葡萄糖）的全培养基上培养。 • 全基因组的位置数据进行质量控制的过滤和规范，以及用免疫沉淀 比例增长来控制的DNA测定每个矩阵点。我们通过错误模型计算来自每 个矩阵的每个点的P值。 • 每个实验中的三个样品的数据通过一个加权平均法结合得到最终P值。 为什么实验选定P阈值=0.001？ P值的阈值的影响。所有调节启动子区 相互作用的总和与P值的取值相干。P值越 小，显示相互作用的调节启动子区总和越 少。 为了接下来的结果分析处于较高置信度 区间内，实验选定阈值为0.001. 分析表明，选该阈值，调节器与DNA相 互作用的误报率会大大减少，仅为6％至10 ％。 估计，在细胞中的三分之一的调节器- DNA相互作用不在这P值=0.001的范围内。 调节器的密度 • 在P阈值为0.001下，可观察到调节器与启动区存在将近4000的相互作用。 启动子区内的6270个酵母基因中有2343个（37%）被实验106个转录调节器 约束。许多酵母启动子是由多个转录调节器约束。 实际位置数据（红色圆圈） 相同数据下，P的阈值随机时，调节器与基因间区 （白色圆圈） 结论： 调节器与启动子区的相互作用并不是随机的，而是 存在一定的联系。 多于三分之一的启动子区域被两个或更多的调节器约 束。表明，酵母