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PAGE PAGE 2 实用生物信息技术期末考试（一班） 北京大学生命科学学院 2007年 姓名______________ 座位号PKU07S1__________ 得分______________ 1. 斑头雁血红蛋白序列、结构、功能、进化分析 以关键词“bar-headed goose hemoglobin”（斑头雁血红蛋白）检索NCBI数据库，可在PubMed中找到包括该关键词的论文_____篇；最早发表的一篇PMID为________，发表于___________年___月，主要研究内容为_______________________________________________________________________________________________；最近发表的一篇PMID为__________，发表于________年____月，主要研究内容为______________ _______________________________________________________________________________________________； 北京大学（Peking University）发表的关于斑头雁晶体结构研究论文_____篇。上述所有论文中可全文下载的一篇PMID为_____________，主要研究内容为__________________________________________________________ _________________________________________________________________________________ ________________________________________________________________________________ ________________________________________________________________________________ ________________________________________________________________________________ 以关键词“bar-headed goose hemoglobin”检索NCBI三维结构数据库，可检索到相关结构___个；其中斑头雁血红蛋白___个，PDB登录号为__________________________，灰雁（graylag）血红蛋白__个，PDB登录号为________ 以“bar-headed goose hemoglobin”检索SwissProt序列数据库，可找到斑头雁血红蛋白序列___条，其中斑头雁血红蛋白A链（HBA_ANSIN）序列登录号（Accession）为_________，登录日期为_________，序列最近更新日期为_________，注释信息最近更新日期为_________；相关文献____篇，其中关于X-射线晶体结构研究____篇，发表日期为___________；该蛋白质功能为__________________________，属_______________家族； UniRef数据库中和HBA_ANSIN序列相似性高于90％的序列共_______条。选取斑头雁（HBA_ANSIN）、灰雁（HBA_ANSAN）、野鸭（Mallard，HBA_ANAPP）、家鸭（Domestic duck，HBA_ANAPL）、水凫（Widgeon，HBA_ANAPE）和疣鼻天鹅（Mute swan，HBA_CYGOL）6个物种序列，画出用MEGA软件包中最大简约法（Maximum Parsimony）构建的种系发生树；该系统树表明，与斑头雁亲缘关系最近的物种为_______________。 从PDB数据库中下载斑头雁氧合血红蛋白（1A4F）和灰雁氧合血红蛋白（1FAW）序列，用EMBOSS软件包中Needle程序进行序列比对， Chain / Position ?18 1A4F Ser / Gly 用蛋白质结构图形显示软件Swiss-PdbViewer比较斑头雁氧合血红蛋白（1A4F 斑头雁氧合血红蛋白?亚基有___个组氨酸残基，______与血色素环中央鉄原子共价结合，_____与血色素环中央氧原子（OXY150）以氢键结合，键长为____埃； 用结构叠合（Fit）方法将斑头雁氧合血红蛋白?????二聚体和灰雁氧合血红蛋白?????二聚体按??碳（C?）叠合，叠合后均方根误差（Root Mean Square Deviation, RMSD）为____埃