第七章蛋白质功能分析与结构预测.ppt

蛋白质同源建模基本过程 1. 搜索与目标序列同源 的模板序列 ( 已知结 构的蛋白质序列 ) 2. 目标序列与模板序列 对齐 ( 关键步骤 ) 3. 骨架结构构建 4. 非保守区的环（ loop ） 结构建模 5. 侧链安装 6. 优化和评估所建模型 一、选择合适的结构模板 ? 通过序列相似性 －用 FASTA, BLAST, PSI-BLAST －高度序列相似性的效果最好，但可尝试远源 同源性，之后评估效果 ? 进化关系越相近，效果越好 －考虑系统进化树 ? 通常采用多个模板来建立模型的效果比较好 一、选择合适的结构模板 在 PDB 数据库中搜索与目标序列同源的模板序列， 找到所有在序列水平上与目标序列相似的已知结构 的蛋白质。 一、选择合适的结构模板 根据一定序列相似性标准初步筛选模板，如 SWISS-MODEL 选择与目标序列一致性大于 25% ， 且长度大于 20 个氨基酸残基的已知结构的蛋白序 列为模板。 二、目标序列和模板的比对 ? 目标序列和模板正确的比对非常重要 ? 比对过程尽量使用结构信息 －大部分的插入 / 缺失发生在主要二级结构的连 接处，而不是发生在二级结构中间。 －用所有可能的模板进行基于结构的序列比对 二、目标序列和模板的比对 ClustalW 的对齐结果 考虑结构的序列对齐结果 二、目标序列和模板的比对 ClustalW 的对齐结果 考虑结构的序列对齐结果 ? 如果只有一个模板，直接复制空间骨架结构 ; ? 如果有多个模板，对所有相关模板进行空间结构 叠合，去除不一致的模板。 三、建立模型 I —— 骨架的构建 三、建立模型 I —— 骨架的构建 ? 平均化 α - 碳原子的位置，确定目标氨基酸序列 的空间骨架结构。 loop 结构建模的方法 ─ 基于物理性质的方法 : 分子动力学进行结构模拟 ─ 基于已知结构的方法 : 与已知结构的 loop 进行匹配，将 相匹配的 loop 结构的坐标转换为目标结构的坐标 ? Loop 是含有 5 个以上的 氨基酸残基的 β 转角， 连接蛋白质的二级结构 ? 通常目标分子和模板在 loop 区域不同（片段的 插入 / 缺失） 四、建立模型 II —— loop 结构建模 Back 侧链安装 ─ 对具有相似序列的位置，复制模板结构 ─ 对于不同序列的位置，通过匹配旋转异构体数据库中 的结构来确定侧链结构 五、建立模型 III —— 侧链安装 六、优化所建模型 ? 由步骤 I-III 建立的蛋白质结构模型可能具有较 差的立体化学性质； ? 通过分子动力学能量最小化可以改进严重的局 部错误，如 SWISS-MODEL 通过对所构结构模 型进行能量最小化优化。 有很多地方容易出错 … ? 不合适的模板 —— 根本没有与目标序列相同的 结构； ? 错误的对齐结果 —— 产生错误的结构 ? 错误的 loop 结构构建 ? 错误的侧链位置 折叠识别方法 ? 很多蛋白质在氨基酸序列水平上有很大的不同 （ 30% ），对于这类蛋白质，很难直接通过序列 比对找出它们之间的关系。 ? 蛋白质结构具有很大的可变性，但由于分子作用 力往往倾向于形成某些折叠结构（基本骨架）。 ? 有限的蛋白质折叠类型 ( 可能只有几千种 ) 。 有限的蛋白质折叠类型 独特的折叠结构数量较少 ( 可能只有几千种 ) 独特折叠结构数量 1980 1985 1990 1995 2000 2005 2008 有限的蛋白质折叠类型 向 PDB 提交的新结构中 ， 90% 与数据库中的已知折叠结构相似 有限的蛋白质折叠类型 258 种类型 165 种类型 141 种类型 334 种类型 50 种类型 第七章 蛋白质功能分析与结构预测 农业与生物学院 张利达 zhangld@ 蛋白质功能分析 蛋白质功能预测 新基因的可能功能 – 已经了解到神经纤维素 nf1 基因的突变 与遗传性的多发性神经纤维瘤 Ⅰ 型疾病 有关（ neurofibromatosis 1 ）； 但关于 该疾病的分子机制知之甚少。 – 序列相似性分析发现 NF1 与酵母的 IRA 蛋白同源，该蛋白是一个 GTP 酶活性调 控蛋白 (GTPase activating protein) ，也 已经知道在酵母细胞中其调控 GTP 酶