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蛋白质组学 蛋白质是生物体的重要组成部分，参与几乎所有生理和细胞代谢过程。此外，与基 组 学和转录组学比较，对一个细胞或组织中表达的所有蛋白质，及其修饰和相互作用的大 规模研究称为蛋白质组学。 蛋白质组学通常被认为是在基 组学和转录组学之后，生物系统研究的下一步。然 而，蛋白质组的研究远比基 组学复杂，这是由于蛋白质内在的复杂特点，如蛋白质各 种各样的翻译后修饰所决定的。并且，研究基 组学的技术要比研究蛋白质组学的技术 强得多，虽然在蛋白质组学研究中，质谱技术的研究已取得了一些进展。 尽管存在方法上的挑战，蛋白质组学正在迅速发展，并且对癌症的临床诊断和疾病 治 做出了重要贡献。几项研究鉴定出了一些蛋白质在乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌和食 道癌中表达变化。例如，通过蛋白质组学技术，人们可以在患者血液中明确鉴定出肿瘤 标志物。表 1 列出了更多的蛋白质组学技术用于研究癌症的例子。 另外，高尔基体功能复杂。最新研究表明，它除了参与蛋白加工外，还能参与细胞 分化及细胞间信号传导的过程，并在凋亡中扮演重要角色，其功能障碍也许和肿瘤的发 生、发展有某种联系。根据人类基 组研究，约 1000 多种人类高尔基体蛋白质中仅有 500~600 种得到了鉴定，建立一条关于高尔基体蛋白质组成的技术路线将有助于其功 能的深入研究。 蛋白质组学是一种有效的研究方法，特别是随着亚细胞器蛋白质组学技术的迅猛 发展，使高尔基体的全面研究变为可能。因此研究人员希望能以胃癌细胞中的高尔基体 为研究对象，通过亚细胞器蛋白质组学方法，建立胃癌细胞中高尔基体的蛋白质组方法 学。 研究人员采用蔗糖密度梯度的超速离心方法分离纯化高尔基体，双向凝胶 电泳（2- DE）分离高尔基体蛋白质，用 ImageMaster 2D 软件分析所得图谱，基质辅助激光解吸 离子化飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）鉴定蛋白质点等一系列亚细胞器蛋白质组学方 法建立了胃癌细胞内高尔基体的蛋白图谱。 最后，人们根据分离出的纯度较高的高尔基体建立了分辨率和重复性均较好的双 向电泳图谱，运用质谱技术鉴定出 12 个蛋白质，包括蛋白合成相关蛋白、膜融合蛋白、 调节蛋白、凋亡相关蛋白、运输蛋白和细胞增殖分化相关蛋白。通过亚细胞器分离纯 化、双向电泳的蛋白分离及 MALDI-TOF MS 蛋白鉴定分析，研究人员首次成功建立了 胃癌细胞 SGC7901 中高尔基体的蛋白质组学技术路线。 3.1 蛋白质功能预测工具 也许生物信息学方法在癌症研究中最常用的就是基因功能预测方法，但是这些数据库 只存储了基 组的大约一半基因的功能。为了在微阵列资料基础上完成功能性的富集 分析，基因簇的功能注解是非常重要的。近几年生物学家研发了一些基因功能预测的方 法，这些方法旨在超越传统的 BLAST 搜索来预测基因的功能。基因功能预测可以以氨 基酸序列、三级结构、与之相互作用的配体、相互作用过程或基因的表达方式为基础。 其中最重要的是基于氨基酸序列的分析， 为这种方法适合于微阵列分析的全部基因。 在表 3 中，前三项列举了三种同源搜索方法。FASTA 方法虽然应用还不太广泛， 但它要优于 BLAST，或者至少相当。FASTA 程序是第一个使用的数据库相似性搜索程 序。为了达到较高的敏感程度，程序引用取代矩阵实行局部比对以获得最佳搜索。美国 弗吉尼亚大学可以提供这项程序的地方版本，当然数据库搜索结果依赖于要搜索的数 据库序列。如果最近的序列数据库版本在弗吉尼亚大学不能获得，那么就最好试一下京 都大学（Kyoto University）的 KEGG 站点。PSI-BLAST （位点特异性反复BLAST）是 BLAST 的转化版本，PSI-BLAST 的特色是每次用 profile 搜索数据库后再利用搜索的 结果重新构建 profile ，然后用新的 profile 再次搜索数据库，如此反复直至没有新的结 果产生为止。PSI-BLAST 先用带空位的 BLAST 搜索数据库，将获得的序列通过多序列 比对来构建第一个 profile 。PSI-BLAST 自然地拓展了BLAST 方法，能寻找蛋白质序列 中的隐含模式，有研究表明这种方法可以有效地找到很多序列差异较大而结构功能相 似的相关蛋白，所以它比 BLAST