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蛋白质工程 ： 2.结构基础（少量，选择题，填空题） 蛋白质空间结构的基本组件 ：α螺旋，β层，环肽链，疏水内核。 蛋白质结构的共同特征 ：疏水内核，疏水相互作用是指非极性 基团在任何极性环境中强烈趋于彼此聚集的择优效应。 稳定α-螺旋的因素:α-螺旋具有极性，所有氢键都沿螺旋轴指 向同一方向 α-螺旋的中心没有空腔 氨基酸的旋光性 ：除甘氨酸外，都具有旋光性。 氨基酸的光吸收 ：酪氨酸（Tyr、278nm）、色氨酸(Trp、279)和苯 丙氨酸(Phe、259)能够吸收紫外光——共轭双键。 蛋白质一级结构:多肽链中的氨基酸的排列顺序，包括二硫键 的位置数量和链内共价连接的方式。 稳定因素，肽 键、二硫键（都属于共价键） 蛋白质二级结构:主要有α螺旋，平行β层，反平行β层，β转折、 310 螺旋 稳定因素，主要由其内部形成的主链氢键所稳定，氢键的排布 方式为二级结构重要特征。 蛋白质三级结构：在二级和超二级结构及结构域的基础上进一 步卷曲形成复 球状分子结构。 蛋白质四级结构 ：蛋白质分子的亚基结构，α1，α2，β1，β2。 无亚基并只有单结构域的蛋白质:三级结构就是它的完整的三 维结构。 蛋白质在体内的形成分为两个阶段 ：多肽链的生物合成，新生 肽链折叠。 蛋白质折叠：由多肽链的一维线性氨基酸序列转化为具有特征 三维结构的活性天然蛋白质的过程。 结构模体 ：一级顺序上相邻的二级结构在三维折叠中也靠近， 彼此按特定的几何排布形成简单的组合。 结构域 ：二级结构和结构模体以特定的方式组合连接，在空间 上可以明显区分的三级折叠实体，称为结构域。 结构域水平划分蛋白质 ：（1）α型结构（2）β型结构 （3）α/β型结 构 （4）α+β型 （5）无规型/富含二硫键和金属离子型。α，β，α/β 为主要结构。 增加蛋白质稳定性的途径 ：（1）引进二硫键，替换甘氨酸，增加 脯氨酸。（2）稳定α螺旋。（3）填充疏水内核。 帮助折叠的蛋白质和酶 ：（1）分子伴侣。（2）帮助正确二硫键形 成的酶。（3）催化脯氨酸残基 cis-trans 异构化的酶。 目前较为系统和广泛使用的数据库: SCOP、CATH、DALI、 FSSD 和 DDD 。 3.蛋白质分子设计（多，大题）重点 蛋白质设计的目的 ：为蛋白质工程提供指导性信息，探索蛋白 质的折叠机理。 蛋白质分子设计层次:序列分析、二级结构预测、同源蛋白质 结构预测、蛋白质突变体结构预测、蛋白质的性能预测和蛋白质分 子设计六个部分。 分子设计的 5 个步骤 ： 1. 建立所研究蛋白质的结构模型。可通过 X 射线晶体学、二维 核磁共振等测定。 2. 找出对所要求的性质有重要影响的位置。利用同一家族中的 蛋白质的序列比对、分析，找出重要位点，这是分子设计工作的关键。 3. 选择一系列的在（2）中所选出位点上改变残基所得到的突变体， 一方面使蛋白质可能具有所要求的性质，另一方面又尽量维持原有结 构。尽量在同源结构中此位点已有的氨基酸残基序列中进行选择，也 要考虑残基的体积、疏水性等性质的变化所带来的影响。 4. 预测突变体的结构。 5. 定性或定量计算优化所得到的突变体结构是否具有所要求的 性质。 蛋白质分子设计流程 ： 蛋白质分子设计的分类 ： 按照改造部位的多寡分为三类， 第一类为“小改”，少数残基的替换，通过定位突变或化学修饰来 实现。主要通过定点突变技术或盒式替换技术。例，核糖核酸酶，T4 噬菌体溶菌酶。 第二类为“ 中改”，对来源于不同蛋白的结构域进行拼接组装。例 抗体分子改造 第三类为“大改”，即完全从头设计全新的蛋白质。 蛋白质的功能设计： １．通过反向拟合天然蛋白质设计新的功能 ２．键合及催化的从头设计 ３．在全新蛋白质中引入结合位点 ４．催化活性蛋白质的设计 ５．膜蛋白及离子通道的设计