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第 7 章 蛋白质结构预测 一种生物体的基因组规定了所有构成该生物体的蛋白质，基因规定了 蛋白质的氨基酸序列。虽然蛋白质由氨基酸的线性序列组成，但是它们只有 折叠成特定的空间构象才能具有相应的活性和生物学功能。了解蛋白质的 空间结构不仅有利于认识蛋白质的功能，也有利于认识蛋白质是如何执行 其功能的。确定蛋白质的结构对于生物学研究是非常重要的。目前，蛋白质 序列数据库的数据积累的速度非常快，但是已知结构的蛋白质相对比较少。 尽管蛋白质结构测定技术有了较为显著的 展，但是通过实验方法确定蛋 白质结构的过程仍然非常复杂，代价较高，因此实验测定的蛋白质结构比已 知的蛋白质序列要少得多。另一方面，随着 DNA 测序技术的发展，人类基 因组及更多的模式生物基因组已被或将被完全测序，DNA 序列数量将会急 增，而由于 DNA 序列分析技术和基因识别方法的 步，我们可以从 DNA 推 倒导出大量的蛋白质序列。这意味着已知序列的蛋白质数量和已测定结构 的蛋白质数量（如蛋白质结构数据库 PDB 中的数据）的差距将会越来越大。 人们希望产生蛋白质结构的速度能够跟上产生蛋白质序列的速度，或者减 小两者的差距。那么如何缩小这种差距呢？不能完全依赖现有的结构测定 技术，需要发展理论分析方法，这对蛋白质结构预测提出了极大的挑战。20 世纪60 年代后期，Anfinsen 首先发现去折叠蛋白或者说变性(denatured)蛋白 质在允许重新折叠的实验条件下可以重新折叠到原来的结构，这种天然结 构(native structure)对于行使生物功能具有重要作用，大多数蛋白质只有在 折叠成它们天然结构的时候才能具有完全的生物活性。自从 Anfinsen 提出 蛋白质折叠的信息隐含在蛋白质的一级结构中，科学家们对蛋白质结构的 预测 行了大量的研究，分子生物学家将有可能直接运用适当的算法从氨 基酸序列出发，预测蛋白质的结构。本章主要着重介绍蛋白质二级结构及空 间结构预测的方法。 7.1 引言 基因是生命的蓝图，蛋白质是生命的机器。来自于四种字符字母表（A ，T （U），C，G）的核酸序列中蕴藏着生命的信息，而蛋白质则执行着生物体内 各种重要的工作，如生物化学反应的催化、营养物质的输运、生长和分化控 制、生物信号的识别和传递等工作。蛋白质序列由相应的核酸序列所决定， 通过对基因的转录和翻译，将原来四字符的 DNA 序列，根据三联密码翻译 成 20 字符的蛋白质氨基酸序列。 蛋白质具有不同的长度、不同的氨基酸排列和不同的空间结构，实验 分析表明蛋白质能够形成特定的结构。蛋白质中相邻的氨基酸通过肽键形 成一条伸展的链，肽链上的氨基酸残基形成局部的二级结构，各种二级结构 组合形成完整的折叠结构。蛋白质分子很大，其折叠的空间结构会将一些区 域包裹在内部，而将其它的区域暴露在外。在蛋白质的空间结构中，序列上 相距比较远的氨基酸可能彼此接近。在水溶液中，肽链折叠成为特定的三维 结构。主要的驱动力来自于氨基酸残基的疏水性，氨基酸残基的疏水性要求 将氨基酸疏水片段放置于分子的内部。 图 7.1 （a）是酪氨酸磷酸酶的蛋白质 序列，图7.1 （b）是对应的二级结构，其中 H 代表螺旋，E 代表折叠，B 表示 β 桥，G 表示 310 螺旋，I 表示 π 螺旋，T 表示氢键转角，S 代表转向，图 7.1 （c）显示的是该蛋白质的折叠结构。 研究蛋白质的结构意义重大，分析蛋白质结构、功能及其关系是蛋白质 组计划中的一个重要组成部分。研究蛋白质结构，有助于了解蛋白质的作用， 了解蛋白质如何行使其生物功能，认识蛋白质与蛋白质（或其它分子）之间的 相互作用，这无论是对于生物学还是对于医学和药学，都是非常重要的。对 于未知功能或者新发现的蛋白质分子，通过结构分析，可以 行功能注释， 指导设计 行功能确认的生物学实验。通过分析蛋白质的结构，确认功能单 位或者结构域，可以为遗传操作提供目标，为设计新的蛋白质或改造已有蛋 白质提供可靠的依据，同时为新的药物分子设计提供合理的靶分子及结构。 1AAX:_ PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE 1B （321） ME