基于蛋白质组学和代谢组学研究多粘类芽孢杆菌SC2-M1中NrgA的功能.pdfVIP

符 号 说 明 COG:ClustersofOrthologousGroupsofproteins, 直系同源蛋白质簇 dNTP:deoxy-ribonucleosidetriphosphate, 脱氧核糖核苷三磷酸 EB:Ethidiumbromide, 溴化乙锭 qPCR:QuantitativeReal-timePCR, 实时荧光定量PCR GC-MS:gaschromatography-mass spectrometer, 气相色谱 质谱联用技术- GO:GeneOntology, 基因本体 IMP:hypoxanthinenucleotide, 次黄嘌呤核苷酸 KEGG:KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes, 基因和基因组京都百科全书 LC-MS:liquidchromatography-massspectrometry, 液相色谱 质谱联用技术- overlapPCR:gene splicingby overlap extensionPCR, 重叠延伸PCR PFK:Phosphofructokinase, 磷酸果糖激酶 PGPR:plant growthpromotingrhizobacteria, 植物根际促生细菌 PK:pyruvatekinase, 丙酮酸激酶 PRPP:5-phosphoribosyl-1-pyrophosphate,5- -1- 磷酸核糖 焦磷酸 SDS:sodium dodecyl sulfatepolyacrylamide gel electrophoresis, 十二烷基硫酸钠聚 丙烯酰胺凝胶电泳 TEM:transmission electron microscopy, 透射电子显微镜 目录 中文摘要1 Abstract3 1 引言5 1.1 PGPR 5 植物根际促生细菌 （ ） 1.2 多粘类芽孢杆菌概述5 1.2.1 多粘类芽孢杆菌起源及菌种特性5 1.2.2 多粘类芽孢杆菌促生机理及应用6 1.2.3 SC2 SC2-M16 多粘类芽孢杆菌 及 1.3NrgA 基因及NrgA 铵转运蛋白7 1.4 细菌鞭毛及其运动性9 1.5 嘌呤代谢调控通路11 1.6 蛋白质组学的应用11 1.7 代谢组学的应用13 1.8 研究目的、研究内容和技术路线15 1.8.1 研究目的15 1.8.2 研究内容15 1.8.3 技术路线15 2 材料和方法17 2.1材料17 2.1.1 菌株和质粒17 2.1.2 培养基与溶液18 2.1.3 酶和试剂20 2.1.4 仪器20 2.2 实验方法20 2.2.1 构建基因敲除菌株20 多粘类芽孢杆菌SC2-M1基因组DNA 的提取20 引物设计21 PCR 扩增目的片段21 PCR 产物胶回收22 连接克隆载体23 转化大肠杆菌23 质粒提取23 酶切和连接表达载体24 多粘类芽孢杆菌SC2-M1感受态的制备24 0 多粘类芽孢杆菌SC2-M1的质粒转化过程 电转化法( )24 1 基因敲除菌株的筛选25 2.2.2RNA 的提取25 2.2.3 PCR QuantitativeReal-timePCR 26 实时荧光定量 （ ） 2.2.4 生长曲线测定27 2.2.5 鞭毛观察 （电镜观察法）27 2.2.6 运动性检测27 2.2.7 拮抗性检测27 2.2.8 蛋白质组学28 蛋白提取28 胰酶酶解28 液相色谱 质谱联用分析- 28 数据