序列分析软件DNAMAN_的使用方法中文[汇编].pptVIP

3．DNA 序列的限制性酶切位点分析 Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点） Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点） Target DNA （目标DNA 特性） Circular（环型DNA）， dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化） all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel 中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分析。） * 方法汇编·实用借鉴 选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框： 参数说明如下： Enzyme 代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz 和dnamane.enz， 如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。 其中restrict.enz 数据文件包含180 种限制酶，dnamane.enz 数据文件包含2524 种限制酶。 选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。 * 方法汇编·实用借鉴 要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18 multiple cloning sites）， 然后点击按钮出现下列对话框： 输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。 Cutter 酶切识别序列长度； End 酶切产生的末端，其中包括， Blunt（平头末端）， 5’Overhang（5’突出粘性末端）, 3’Overhang(3’突出粘性末端)， 系统根据cutter 和end 的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，点击按钮执行操作。 * 方法汇编·实用借鉴 4．DNA 序列比对分析（Dot Matrix Comparision） 要比较两个序列，可以使用DNAMAN 提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision （点矩阵比较）通过Sequense/Dot matrix comparision 命令打开比对界面， 点击对比界面左上角的按钮，出现下列对话框： * 方法汇编·实用借鉴 参数说明如下： Sequence type 序列类型 Sequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下： 如果要比对的序列在Channel 中，点击下拉箭头，选择相应的Channel，则被选中的Channel 中的序列作为参加比对的第一序列； 也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File 选择框上点击即可。通过Length 选择参加比对的序列片段。 Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明同上 Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性； * 方法汇编·实用借鉴 Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数， 其中Window 代表Window size（单位比对长度）， Mismatch 代表Mismatch size（单位比对长度中许可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。 Both stran 代表Both strand（双链比对）选择此项，是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。 * 方法汇编·实用借鉴 Plot box 点阵图表显示参数， Position（起点坐标） Width（宽度值） Height（高度值） Frame size（边框线粗度值） Dot size（点粗度值） Gridline（虚线框数）。 参数设定好后，点击按钮执行操作。 * 方法汇编·实用借鉴 5．序列同源性分析 （1）两序列同源性分析 通过Sequence/Two Sequence Alignment 命令打开对话框，如下所示： 参数说明如下： Alignment method 比对方法， 通常可选Quick(快速比对)或SmithWaterman(最佳比对)， 当选择快速比对时，设置较小的k-tuple 值，可以提高精确度， 当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple 值。k-tuple 值可选范围2—6； 蛋白质序列：k-tuple 值可选范围1—3。