分子生物学课件 第十五章 代谢组中的生物小分子.pptVIP

生物系统的图示模型 (表明基因组学、蛋白组学、代谢组学和金属组学的关系,M 表示金属离子) 思考题 代谢物组（metabolome），代谢组学(metabolomics/metabonomics)，代谢物靶标 (Metabolite target)，代谢轮廓(谱) (metabolic profiling )，生物标志物（biomarker），主成分分析 (principal components analysis，PCA)，金属组(Metallomes)，金属组学(Metallomics)，金属蛋白质(Metallo-proteins) 金属组学与代谢组学的联系与差异是什么？ 3. 细菌的代谢组学研究，揭示的哪些信息可以用于该细菌的鉴定？ 4. 植物的代谢组学与中药资源的发掘有哪些联系？ 第十五章 代谢组中的生物小分子 第一节 代谢组学的概念 代谢物组 代谢物组（metabolome）指生物体内或一个细胞、组织或器官中,所有小分子代谢物的组合，是生物体的特定部分在特定环境中，经基因组表达和新陈代谢产生的中介物及终产物，是在某一时刻细胞内所有代谢物的集合。其主要研究体系有生物体液、生物组织及单个细胞的代谢组。 代谢组学（metabonomics/metabolomics） 代谢组学是一门“在新陈代谢的动态进程中,系统研究代谢产物的变化规律,揭示机体生命活动代谢本质”的科学。它所关注的是相对分子质量为1,000以下的小分子。它是通过考察生物体系受刺激或扰动后（如将某个特定的基因变异或环境变化后）其代谢产物的变化或其随时间的变化，来研究生物体系的代谢途径的一种方法。是研究生物体系(细胞,组织或生物体) 受外部刺激所产生的所有代谢产物的变化的科学。 第二节 代谢组学与其他组学的联系及比较 各种组学的迅速发展催生了一门新的学科—系统生物学,系统生物学的研究内容涵盖基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学。 与转录组学和蛋白组学比较,代谢组学还具有以下优点: （1） 基因和蛋白表达的有效的微小变化，会在代谢物上得到放大,从而使检测更容易； （2） 代谢组学的技术不需建立全基因组测序，及大量表达序列标签( EST) 的数据库； （3） 代谢物的种类要远小于基因和蛋白的数目。每个生物体(organism)中代谢产物大约在103 数量级,而最小的细菌,其基因组中也有几千个基因； （4） 因为给定的代谢物在每个组织中都是一样的缘故，代谢产物在各个生物体系中都是类似的,所以代谢组学研究中采用的技术更通用。 （5）基因组学研究的是生物体在一定的病理生理条件下,基因表达谱的改变。但“沉默基因”及基因之间的互相调控,使得基因的“开”、“关”与生物学效应并无直接联系。而且不能与生物体作用的靶位点直接联系。 （6）蛋白质组学主要是针对细胞蛋白质的变化,进行半定量测定。蛋白质是生理功能的执行者,研究它可以很大程度地揭示病理生理机制,发现疾病的生物标志。但蛋白质组学也存在信号通路蛋白相互影响,靶位点难以定位等缺点,而且不能动态、实时的反映整体信息。 （7）代谢组学关注的是各种代谢路径底物和产物的小分子代谢物(MW 1KD) ,反映细胞或组织在外界刺激或是遗传修饰下代谢应答的变化,包括糖、脂质、氨基酸、维生素等。特别是基于NMR 技术的研究方法,并不需要进行样品的提取、纯化,可以无损伤地监测组织代谢表达谱的改变,动态地评估代谢信息。并在此基础上,定位相应的靶组织、作用过程以及生物学标志 代谢组学与基因调控相关的“-组学”的关系 第三节 代谢组学研究方法 代谢组学研究的技术平台包括以下几个部分: （1）样品制备 （2）代谢产物检测、分析与鉴定 （3）数据分析与模型建立。 （1）代谢组学研究常用的检测技术,一般不需要对标本行特别的分离、纯化等。但离体条件下,细胞或组织内的代谢状态可迅速改变,代谢物的质与量亦随之变化,为正确反映在体的真实信息,须立即阻断内在酶的活性。最为常用的是冰冻/液氮降温法及冷冻、干燥的保存技术,尽管如此,细胞间仍始终有一低水平的代谢活动,需尽量避免氧化等活化因素。 （2）代谢产物的检测、分析与鉴定是代谢组学技术的核心部分,最常用的是NMR 及质谱(MS)两种技术。 3）代谢组学研究，需借助于生物信息学平台。它往往借助于一定的软件,联合多种数据分析技术,将多维、分散的数据进行总结、分类及判别分析,发现数据间的定性、定量关系,解读数据中蕴藏的生物学意义,阐述其与机体代谢的关系。如果说分析技术在我们面前打开了“一扇门”,正确的数据分析方法和模型建立便是“找到宝藏”的钥匙。主成分分析法( PCA) 是最常用的分析方法。最终是模型建立部分。 代谢组学分析层次 与其它组学不同,代谢组学关注的对象是分子量1000 以下的小分子化合