基于部分PRRSV全基因组的遗传进化及重组热点分析.pdfVIP

摘 要 猪繁殖与呼吸综合征 （Porcine reproductive and respiratory syndrome，PRRS ）是由猪繁殖与呼 吸综合征病毒 （PRRS virus ，PRRSV ）引起的重要传染病。由于病毒的RNA 依赖性RNA 聚合酶 （RNA-dependent RNA polymerase，RdRp ）缺乏校对功能，在复制过程中病毒基因组序列容易发 生突变。自1991 年首次分离到PRRSV 以来，其变异毒株不断出现，造成PRRSV 的遗传多样性 十分复杂。 为了解我国北美洲型（North-American type ，NA-type ）PRRSV 的遗传变异情况，本研究从 2014-2018 年来自9 个省份的PRRSV 感染病料中分离了12 株NA-type PRRSVs，并测定其全基因 组序列，发现多数毒株存在重组现象。为进一步发现NA-type PRRSV 的重组规律和遗传变异特 征，本研究对中美两国 1991-2018 年期间的NA-type PRRSVs 全基因组序列（新测毒株序列 138 条、GenBank 中所有的中美NA-type PRRSVs 序列713 条）进行了遗传进化、重组和NSP2 插入 缺失（Indel ）多态性分析。结果发现：（1）2014-2018 年中国的NA-type PRRSVs 分为3 个分支 （Lineage ，L ），即L1 、L3 和L8 分支，美国NA-type PRRSVs 分为L1 、L5 、L7 和L8 分支。并 且L1 分支中的NADC30-like PRRSVs 种群遗传多样性逐渐下降，NADC34-like PRRSVs 多样性相 对平稳。（2 ）NSP2 根据插入缺失位置的不同，划分为5 种缺失类型。（3 ）2014-2018 年中美两国 NA-type PRRSVs 毒株的分支间重组热点分布于NSP9 和GP2-GP3 。从1991-2013 年到2014-2018 年，中美重组毒株的主要亲本呈现了一个从复杂到单一的趋势。中国重组毒株的主要亲本以 L8 分支为主向L1 分支为主转变，而美国重组毒株的主要亲本一直为L1 分支为主。（4 ）分支内重组 断点分布于整个基因组。同时，本研究对欧洲型（European type ，EU-type ）PRRSV 进行遗传变 异分析，毒株序列包括3 株新测得基因组序列和GenBank 中1991-2018 年所有EU-type PRRSVs 基因组序列（n=88）。结果发现：（1）HL85 株在ORF3 和ORF4 的重叠区域存在11 个氨基酸的 连续缺失。（2 ）EU-type PRRSVs 高频重组区域集中在NSP2 和GP2-GP4 。（3 ）NSP2 发生缺失的 毒株数量较多（61/91 ），缺失氨基酸的数量从 1-148 个不等，包括3 种主要的缺失类型。（4 ）系 统进化分析表明，我国多数的EU-type PRRSVs 可能与3 起境外毒株输入有关。 本研究对1991-2018 年中美NA-type PRRSVs 全基因组序列（n=851 ）、1991-2018 年EU-type PRRSVs 全基因组序列（n=91 ）进行了遗传进化分析，发现了NA-type PRRSVs 的高频重组区域 NSP9 和GP2-GP3、EU-type PRRSVs 的高频重组区域NSP2 和GP2-GP4 以及NSP2 存在复杂的插 入缺失多样性。本研究结果为进一步了解PRRSV 的遗传变异和重组特征提供了重要参考和理论 依据。 关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒，重组热点，遗传进化，NSP2 插入缺失多态性 I Abstract Porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) is an important infectious disease caused by PRRS virus. Due to the lack of proofreading function of RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) of the virus, and the bases in the genome of the