基于三代测序技术的小叶杨基因组研究.pdfVIP

摘要 小叶杨是杨属中的重要树种，其广泛分布于北半球并且有着悠久的栽培历史。它是我 国三北地区的重要树种，在防治荒漠化、减少水土流失、抵御风害以及修复沙丘等方面发 挥着重要作用。虽然该树种在生态和经济方面具有重要的价值，但是有关小叶杨的遗传资 源信息却十分缺乏，这阻碍了具有广泛适应性和商业性状的杨树新品种开发。 1. 本研究，利用三代测序 PacBio Sequel 平台、二代测序 Illumina 平台以及遗传连 锁图谱相结合的组装策略获得了一个染色体水平的小叶杨基因组序列。基因组大小为 44 1.38 Mb，包含686 条contigs ，contig N50 为1.94 Mb。结合本实验室先前研究获得遗传 连锁图谱，共有336 条contigs 成功的被锚定到19 条染色体上，约占整个基因组大小的9 0.2%，此外，由于缺少标记或者标记间存在位置上的冲突，仍然有 350 条较短的contigs 没有被锚定到染色体上。 2. 为了进一步提高基因组组装的完整性与准确性，本研究还结合了 Hi-C 技术辅助 小叶杨基因组组装。通过ALLHIC 软件成功的将653 条contigs