黑羽番鸭产蛋曲线拟合和产蛋相关基因的筛选、克隆及序列分析.pdfVIP

摘要 摘要 番鸭是典型的瘦肉型鸭种，在我国已有300 多年的养殖历史，目前在福建省饲养 最多。其具有生长快、抵抗力强、肉质鲜嫩等诸多优点，但却是唯一保留就巢性的驯 养鸭，极爱抱窝，繁殖力低下，年平均产蛋量仅150 枚，严重影响了经济效益。因此， 本研究通过宏观上拟合黑羽番鸭产蛋曲线探寻其产蛋规律和分子上利用转录组测序技 术测定黑羽番鸭卵巢组织，筛选差异基因，克隆产蛋相关基因，揭示不同时期产蛋分 子机制，为黑羽番鸭繁殖性能提供基础资料。本文主要研究内容和结果如下： 1. 黑羽番鸭产蛋曲线拟合 本试验以26~48 周龄的1,245 只黑羽番鸭为研究对象，利用Wood 、McMillan 和 Yang-Ning 模型以及Logistic 、Gompertz 和Von Bertalanffy 模型分别拟合产蛋率和累计 产蛋数曲线。结果显示：产蛋率曲线中，Yang-Ning 模型最好，R2 为0.938 ；累计产蛋 数曲线中，Von Bertalanffy 模型R2 达到了0.999，效果最佳。这两种模型可预测和评估 黑羽番鸭的产蛋率和累计产蛋数的规律。 2. 不同产蛋时期黑羽番鸭卵巢转录组测序及分析 在产蛋初期 （BE ）、产蛋高峰期（BP ）和产蛋后期 （BL ）各采集3 只母鸭的卵巢， 通过转录组测序两两对比，筛选差异表达基因（DEGs ），进行GO 和KEGG 富集分析。 由结果可知：本次测序共获得63.6 G 数据量，平均Q30 为94.31%，试验样本测序质量 较好。3 个对比组共获得1,683 个DEGs ，BL-vs-BE 、BL-vs-BP 和BP-vs-BE 上调基因 和下调基因分别为41 和60 个，835 和255 个，260 和730 个，每组共表达DEGs 分别 为32、20 和424 个，3 组共表达DEGs 11 个。通过GO 富集分析，发现有237 个DEGs 参与发育过程（developmental process ）、繁殖（reproduction ）和繁殖过程（reproductive process ）这些可能与产蛋相关的生物学过程。通过KEGG 富集分析，我们主要关注类 固醇激素合成和卵巢类固醇生成等信号途径。选取的13 个DEGs 的实时荧光定量PCR 结果，与转录组结果一致。 3. 黑羽番鸭产蛋相关基因的克隆及序列分析 根据转录组测序结果，每组各挑选一个差异较大的基因（BL-vs-BE ：HOXA10 ； BP-vs-BE ：HtrA3 ；BL-vs-BP ：StAR ）进行克隆和序列分析。对HtrA3 基因进行原核表 达，并观察其重组蛋白。成功克隆了HOXA10 、HtrA3 和StAR 基因的ORF 区全长，分 别是1,095bp，1,401bp 和852bp，得到了氨基酸序列、了解了理化性质，蛋白质二级及 三级结构等特性，绘制了系统进化树。HOXA10 基因含有一个保守的Homeobox 结构 域，通过螺旋-转折-螺旋（HTH ）结构结合DNA ，与关键发育过程的转录调控有关。 HtrA3 基因有3 个保守结构域，分别是IGFBP 、KAZAL 和degP_htrA_DO，调节不同 I 西北农林科技大学硕士学位论文 生理活动。Homeobox 和KAZAL 结构域都参与TGF-β 代谢途径。StAR 基因含有START 结构域，参与脂质转运。成功构建了HtrA3 原核表达载体，得到了重组蛋白。 综上所述，Yang-Ning 和Von Bertalanffy 模型可建立黑羽番鸭的标准产蛋曲线，为 提高产蛋性能奠定基础。通过转录组技术鉴定了黑羽番鸭不同产蛋时期的差异表达基 因，并克隆了3 个产蛋相关基因，分析基因序列，为研究黑羽番鸭产蛋过程提供参考。 关键词：黑羽番鸭；卵巢；产蛋曲线拟合；转录组测序；基因克隆；序列分析 II 目录 目录 摘要