含有缺失和不可适用数据的古生物谱系树构建方法研究.pdfVIP

摘要 摘要 古生物谱系树是系统发育学的重要研究内容，用于推断分类单元的亲缘关系 对 于早期古生物而言，构建谱系树只能依赖于化石可观察到的形态学数据。由于古生物 形态学数据中存在大量的缺失数据和不可适用数据，导致古生物谱系树难以稳定构建 针对此问题，本文从古生物形态学数据特征的特点出发，对古生物形态学缺失数据和 不可适用数据进行合理处理，基于形态特征推断亲缘关系，构建古生物谱系树 具体 研究内容如下： （1）根据古生物形态学数据特征的特点，提出一种古生物形态学数据特征层次 化分析方法，以建立古生物特征层次图 结合特征间的层次关系，将古生物形态学缺 失数据分为主特征缺失数据和从特征缺失数据，并指出古生物形态学缺失数据和不可 适用数据之间的本质区别：缺失数据的存在是有意义的；而不可适用数据则无意义 （2）针对因古生物形态学数据中缺失数据和不可适用数据的存在导致古生物谱 系树难以稳定构建的问题，结合古生物形态学数据特征层次化分析方法、缺失数据的 缺失机制及缺失模式，提出一种基于层次关系和循环迭代预测模型的古生物形态学缺 失数据填补方法，分别对主特征缺失数据和从特征缺失数据进行合理填补。实验表明， 将完备数据集随机缺失后再进行填补时，古生物形态学缺失数据填补方法是有效性 （3 ）结合特征层次化和系统发育分析，提出一种基于层次特征和简约原则的古 生物谱系树构建方法。首先，对古生物形态学数据特征进行层次化分析，并对形态学 数据特征矩阵进行预处理，得到完整的古生物形态学数据特征矩阵；其次，通过外类 群对比确定祖征和衍征，进而将特征极向；最后，基于层次特征和简约原则选取有用 特征，并用其推断分类单元的亲缘关系，构建古生物谱系树。通过对构建的古生物谱 系树进行度量，给古生物学家研究分类单元的进化关系提供了更多的参考依据 关键词：古生物谱系树，形态学缺失数据，不可适用数据，缺失数据填补，层次特征 I 插图索引 插图索引 图 1 寒武纪时期古生物谱系树 1 图2 形态学数据特征矩阵 2 图3 海口大网虫化石标本 3 图4 特征层次图 10 图 5 特征层次示意图 13 图 6 寒武纪叶足动物和一些节肢动物分类群形态学特征层次图 13 图 7 中国早期寒武纪柯林斯虫和身披盔甲叶足动物形态学数据特征层次图 ... 1 图 8 寒武纪叶足动物和一些节肢动物分类群形态学数据集填补准确率比较 ... 25 图9 中国早期寒武纪柯林斯虫和身披盔甲叶足动物数据集填补准确率比较 ... 26 图 10 分类树模型示意图 30 图 11 某分类单元的分类树 32 图 12 某分类单元分类树对应的谱系树 32 图 13 基于层次特征和简约原则的古生物谱系树构建方法流程图 3 图 14 最大简约法构建的谱系树 36 图 15 本文方法构建的谱系树 36 图 16 最大简约法构建的谱系树 37 图 17 本文方法构建的谱系树 37 V