5.5计算方法预测三级结构-04-从头计算法QUARK.pdf

《生物信息学》第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） 计算方法预测三级结构：从头计算法 QUARK 用同源建模法解决不了的，一般用穿线法就可以解决。但是也有一些特殊的蛋白，穿线 法也解决不了。这种蛋白质，尽管可以用 ITASSER 做出模型，但如果看一下模型的质量评 估系数，都不合格。这时我们就得采取其他方法。可以尝试从头计算法（ab initio）。从头计 算法的原理基于 1973 年 Anfinsen 在 Science 上提出的一句话。他说，蛋白质 的三维结构决定于自身的氨基酸序列， 并且处于最低自由能状态。也就说，当 一个蛋白质被翻译出来之后，它上面的 氨基酸排列顺序就已经决定了这个蛋白 质长什么样子。一个蛋白子所应该具有 的天然模样就是它的氨基酸序列所能摆出的自由能最低的 pose，因为能量低意味着稳定和持 久。所以从头计算法会模拟肽段在三维空间内所有可能的存在姿态，并计算每一个姿态下的 自由能，最终给出自由能最低的那个姿态作为预测结果。可想而知，这是多么大的计算量啊！ 做从头计算法的预测软件不多，首选张扬教授的 QUARK 预测软件（http://zhanglab.ccmb. /QUARK）。注意，QUARK 只能为长度在 200 个氨基酸以内的蛋白质预测结 构。输入序列和用户信息。QUARK 需要单独注册，ITASSER 的账号在这里不通用。QUARK 需要很长的计算时间，大约需要 2 天以上才能计算出结果。 图 1. QUARK 提交页面 结果页面里，QUARK 会给出排名前十的预测模型，根据每个模型的 TM-score 可以查 看模型是否合格可用（图 2）。 图 2. QUARK 结果页面