5.7蛋白质分子表面性质-02-APBS计算表面电荷分布.pdf

《生物信息学》第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） 蛋白质分子表面性质：APBS 计算表面电荷分布 1. 载入 PDB 文件 重新打开 VMD，载入刚刚创建的 A_autopsf.pdb 文件和 A_autopsf.psf 文件。 主窗口→ File → New Molecul → Browse → A_autopsf.pdb → Load。 不要关闭“Molecular File Browser”窗口，注意窗口第一行“Load files for”下拉菜单里 选择的应该是刚刚载入的 A_autopsf.pdb。 2. 载入 PSF 文件 在第一步的窗口中继续加载 PSF 文件到 PDB 文件上。 直接点击 Browse → A_autopsf.psf → Load。 这一步是将 PSF 文件加载在 PDB 文件上，也就是把两个文件加载在一起。所以此时可 以看到在主窗口里只有一个分子，而不是两个，虽然已经载入了两个文件。 如果“Molecular File Browser”窗口第一行“Load files for”下拉菜单里选择的不是已载 入的文件的名字，而是“New Molecule”的话，那么新载入的文件将作为一个新分子在主窗 口中列出。 正 确 错 误 需要的文件载入进来后，点 Extensions 菜单下的 Analysis 下的 APBS Electrostatics。在新 跳出的窗口点 edit。 首先告诉他输出文件的路径，就是我们工作文件夹的位置，浏览，D 盘，test 文件夹。 正 确 错 误 3. 设置 APBS 插件 在上一节中，APBS 插件被拷贝到了 VMD 的安装目录里。 主窗口 → Extensions → Analysis → APBS Electrostatics → 打开“APBS Tool”窗口。 “APBS Tool”窗口 → Edit → Settings → 打开“Settings”窗口。 “Settings”窗口 → Working Directory → Browse → 选择“D:\test”为工作目录。 “Settings”窗口 → APBS Location → Browse →双击“C:\Program Files (x86) \University of Illinois\APBS”（APBS 的存放路径）文件夹下的“APBS.exe”文件。 “Settings”窗口 → 在“Use CHARMM radii”前面打勾 → 点击“ok”按钮。 “APBS Tool”窗口 → 点击“Run APBS”按钮。 4. 计算电荷分布 点击“Run APBS”按钮后，VMD 开始计算。此时可以从命令窗口看到计算进程。当命 令窗口里显示“thank you for using APBS”，说明计算完成。 5. 查看计算后新生成文件 APBS 计算完成后，会跳出一个窗口，询问是否把新创建 的文件加载进来。此时，点击“Cancel”。我们尝试自己手动 加载。 在 test 工作目录中，APBS 创建了一个名为“apbs.48409” 的文件夹（文件夹名后部的数字每次不同）。打开这个文件夹， 里面有四个新创建的文件：“A_autopsf.pqr”，“apbs.in”，“io.mc”和“pot.dx”。其中“A_