5.10蛋白质-小分子分子对接-03-AutoDock对接.pdf

《生物信息学》第五章 ：蛋白质结构预测与分析 （第三部分） 蛋白质- 小分子分子对接：AutoDock 对接 1 ．设置 Docking 的参数文件 （1）选定蛋白质分子：点击“Docking”→点击“Marcomolecule”→点击“Set Rigid Filename” →找到 test 工作文件夹→打开 “ad_protein.pdbqt”。 （2）选定小分子：点击 “Docking”→点击 “Ligand”→点击 “Open” →找到 test 工 作 文件夹→打开 “ad_ligand.pdbqt” →点击 “Accept”，接受默认的小分子设置参数 。 （3）选择 Docking 算法：点击 “Docking”→点击 “Search Parameters”→点击 “Local Search Parameters”（Genetic algorithm 计算更精确，但是计算时间长）→点击 “Accept”，接受默认 参数。 （4）输出 Docking 参数文件：点击 “Docking”→点击 “Docking Parameters” →点击 “Accept”→点击 “Docking”→点击 “Output”→点击 “Local Search”→将参数文件保存在 test 工作文件夹中 ，命名为 “test.dpf”。 2. 运行 AutoDock4 打开 Dos 窗口，切换目录为 test 工作文件夹 输入 ：autodock4 -p test.dpf -l test.dlg ，回车。 “Local Search”算法并非一个非常精确的算法，选择的计算步数也不多 ，所以计算的很 快。如果选择的是中等步数的 “Genetic algorithm”算法，大约需要十几个小时的时间。 3. 查看对接结果 完成后在 test 工作文件夹中，生成了一个名为 “test.dlg”的文件，此文件即为最终的对 接结果 。 4. 图形化显示对接结果 （1）删掉已载入的文件：点击 “Edit”→点击 “Delete”→点击 “Delete