5.10蛋白质-小分子分子对接-02-AutoDock预处理.pdf

《生物信息学》第五章 ：蛋白质结构预测与分析 （第三部分） 蛋白质- 小分子分子对接：AutoDock 预处理 在使用 AutoDock 做分子对接之前 ，首先应建立一个工作目录 ，以存放对接过程中所需 要以及产生的文件。 1.工作目录的建立 在 D 盘根目录下创建一个工作文件夹 test （“D:\test\”）。从课程附件 中下载对接需要的 蛋白质分子和小分子的 PDB 文件：ad_protein.pdb 和 ad_ligand.pdb ，存入 test 目录中。 2.加工处理小分子 （1）载入小分子：打开 AutoDockTools 工具软件→点击 “file”→点击 “read molecule” →选择 test 文件夹中的 ad_ligand.pdb→打开。 （2）给小分子加氢 ：点击 “Edit”→点击 “Hydrogens ”→点击 “Add ”→点击 “ok”。 （3）给小分子加电荷 ：点击 “Edit”→点击 “Charges”→点击 “Compute Gasteiger”→ 点击 “确定”。 （4）指定 ligand ：点击 “Ligand”→点击 “Input”→点击 “Choose”→在弹出的 “Choose Molecule for AutoDock4”窗口中，选中“ad_ligand”小分子→点击“Select Molecule for AutoDock4” →在弹出的 “summary for ad_ligand”窗口中点击 “确定”。 （5）确定扭矩中心 ：点击 “Ligand”→点击 “Torsion Tree” →点击 “Detect Root”。点 击后 自动确定ligand 扭矩中心。 （6）确定键的旋转要求 ：点击“Ligand ”→点击“Torsion Tree” →点击“Choose Torsions”， 弹出 “Torsion Count”窗口，如窗口所示 ，绿色的键是可以旋转的 （rotatable），红色的键是 绝对不能旋转的 （unrotatable ），紫色的键是非旋转的 （non-rotatable）。此处可以根据需要点 击窗口中 “make non-rotatable”，将可旋转的键设置为非旋转的键。或者反之，通过点击 “make rotata