5.11虚拟筛选与反向对接-01-虚拟筛选.pdf

《生物信息学》第五章 ：蛋白质结构预测与分析 （第三部分） 虚拟筛选与反向对接 ：虚拟筛选 虚拟筛选 （Virtual screening），也叫做计算机筛选。他是在进行生物活性筛选之前 ，在计 算机上对化合物分子进行预筛选，以降低实际筛选化合物的数目，同时提高先导化合物的发 现效率，即用计算机将所有可能的小分子筛选一遍，挑出虚拟的结合效果最好的几个 ，再通 过实验验证的过程。虚拟筛选是降低工作量的必要手段。首先，从小分子数据库中根据小分 子的基本特征，比如大小，包含基团等可以排除掉大量的候选小分子。这一步可以从几十万 个小分子中海选出几百个。再通过虚拟筛选 ，就可以从几百个选出几十个 ，再从几十个里挑 选能够购买到的进行实验，最后通过实验验证，发现其中十几个有实验活性。 能够进行虚拟筛选的软件很多 ，但大多是收费的商业软件 ，拥有高无上限的价格。其实 用免费的 AutoDock 也可以做虚拟筛选，就是麻烦点儿，需要自己编写小程序进行辅助。 Autodock 做虚拟筛选的步骤流程做虚拟筛选的步骤流程 ： （1）获取小分子 进行虚拟筛选 ，首先需要有一个庞大的小分子需要有一个庞大的小分子库。ZINC 是免费的小分子库小分子库，包括 3500 万个市场上可购买的小分子的小分子。（/） ZINC 可以根据 小分子名称、属性 （比如分子量）、销售公司等选取小分子。最常用的 是通过结构获取。本例的任务是 ：某个蛋白质已知可以和苯甲酸结合，现要找到苯甲酸的替 代品 。这种情况下，可以画出苯甲酸的结构，再根据相似度进行选择或者选择包含所画结构 基团的小分子。本例的海选 目标定 “和苯甲酸结构相似度大于 80%的小分子”。 Format 选项如果选择默认的 “overview”，筛选结果为网页上直接显示出的所有符合要 求的小分子。如果选择某种下载格式 （比如 MOL2），则将筛选出的小分子结构按照选定格 式保存下载。