竹黄基因组分析及其苝醌类化合物合成代谢研究.pdfVIP

摘 要 摘 要 竹黄（Shiraia bambusicola ）是一种稀有的药用真菌资源，仅分布于中国南部省份 及日本。竹红菌甲素 （hypocrellin A ）是竹黄的主要活性成分，属于苝醌类化合物， 具有抗菌、抗病毒和抗肿瘤等活性，可作为优良的光敏剂并用于临床光动力疗法。由 于竹黄野生资源越来越少，导致其活性代谢物产量降低，并且竹红菌甲素难以进行大 规模生产发酵，因此，研究竹红菌甲素的生物合成途径，通过分子生物学手段对竹黄 Shiraia bambusicola 野生型菌株进行定向改造，获得高产量的菌株迫在眉睫。目前， 关于竹红菌甲素分子生物学方面的研究报道较少，其生物合成基因、途径以及调控等 尚不明确。本研究的目的是通过对竹黄Shiraia bambusicola 菌株S4201 进行基因组测 序，利用生物信息学和分子生物学方法，揭示竹黄Shiraia bambusicola 的基因组特征， 了解竹黄Shiraia bambusicola 合成次级代谢产物的能力，预测竹红菌甲素生物合成基 因簇，研究其合成通路及调控途径。 本研究使用Illumina HiSeq 和PacBio 平台对竹黄Shiraia bambusicola 基因组进行 测序。组装结果显示S4201 的基因组大小为32 Mb，含有57 个contigs （scaffolds ）， N50 为1,565,644 bp，蛋白编码基因有11,332 个。对基因组进行功能注释，预测竹黄 Shiraia bambusicola 编码了414 个碳水化合物活性酶，包括166 个糖苷水解酶，52 个 糖基转移酶，9 个多糖裂解酶，13 个糖类酯解酶，72 个辅助功能蛋白和 102 个与碳 水化合物相关的模块蛋白。与其它碳水化合物活性酶进行比较分析，结果显示竹黄 Shiraia bambusicola 与Arthrobotrys oligospora ATCC 24927 具有类似的碳水化合物降 解模式。使用病原体宿主相互作用数据库进行基因注释，推测890 个基因参与致病性 和毒力，占总基因的7.85 ％。另外预测到1,026 个细胞色素P450 （9.05 ％）基因，74 个主要协同转运蛋白超家族和46 个ATP 结合盒转运蛋白，这些参与致病性的基因可 能与竹黄 Shiraia bambusicola 的生活方式相关；共线性分析显示，竹黄 Shiraia bambusicola 和Parastagonospora nodorum 基因组结构有着最多的共线性区块，并且 它们在蛋白水平也具有更多的同源性。共有基因和特有基因的比较分析表明，竹黄 Shiraia bambusicola 菌株S4201 具有最少的特异基因。基因组系统发育分析说明，竹 黄Shiraia bambusicola 属于座囊菌纲、格孢腔菌目（Pleosporales, Dothideomycetes ）； 使用竹黄Shiraia bambusicola 基因组scaffolds 序列在antiSMASH 4.1.0 平台进行预测， 发现73 个假定的次级代谢生物合成基因簇，包括15 个聚酮合酶（PKS ，14 种T1PKS 和1 种T3PKS ）、6 个非核糖体肽类合成酶（NRPS ）、1 个linaridin、2 个萜烯、1 个 吲哚、1 个 cf_fatty_acid、28 个 cf_putative 和 2 个其他基因簇，说明竹黄 Shiraia bambusicola 的次级代谢产物开发潜力很大。对竹红菌甲素生物合成基因簇的预测结 果与NCBI 数据库中Shiraia sp. slf14 （GenBank: KM434884.1，未发表的结果）的数 II 摘 要 据不同，因此在转录水平进行验证，初步确定了可能参与竹红菌甲素生物合成的基因。 并以尾孢素和痂囊腔菌素C 的合成途径为基础，推测了竹红菌甲素的生物合成通路。 通过构建竹黄 Shiraia bambusicola 的遗传转化体系，开展对竹黄 Shiraia bambusicola 基因功能的研究。检测了一些在其他真菌中常用的抗生素及除草剂（潮