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R 包终极解决方案 写在前面：在如何通过 Google 来使用 ggplot2 可视化 这篇文章中， 我们曾经介绍过 R 语言在生物信息学中的重要 性。这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情。 学习 R 语言 必然会安装各种各样的包，很多人在这一步就遇到了困难， 刚开始学习 R 语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误， 比如 package ‘ airway is not available(for R version 3.1.0) 等等，这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的 问题以及解决方案。当然，你不一定现在就会遇到，但是如 果你遇到了， 请记住，可以在这里得到答案！ 文章目录如下： 查看已经安装了和可以安装哪些 R 包如何安装旧版本的包 如何切换镜像以及为什么要切换4 如何切换镜像以及为什么要切换 4 种常见的 R 包安装方式说 明：该文首发于我的个人博客以及生信技能树论坛，请点击 文末的阅读原文前往查看详细资料。总体思路 文末的阅读原文前往查看详细资料。 总体思路 R 语言里面的 包其实是很简单的，因为它自带了一个安装函数 install.packages() 基本上可以解决大部分问题。但是如果出 问题你需要从如下角度进行分析思考 :你的 R 语言安装在什 么机器什么？( linux(ubuntu?centos?),window,mac )你的 R 是什么版本 :(3.1 ? 3.2 ? /1307.html ) 你的安装器是 什么版本？ (主要针对于 bioconductor 包的安装) 你的联网方式是什么？ https ？ http ？你选择的 R 包镜像是什么？ R 包安在哪里，可以安装哪些 R 包 首先在R里面输入.libPaths()即可查看当前的R把包安装到 了机器的哪个地方，这样可以直接进入目录去查看有哪些包， 每个包都会有一个文件夹。其次你可以用 installed.packages() 查看你已经安装了哪些包。最后你可以 用 available.packages() 可以查看自己的机器可以安装哪些 包！ .libPaths()[1] C:/Users/jmzeng/Documents/R/win-library/3.1[2] C:/Program LibPathFiles/R/R-3.1.0/librarycolnames(installed.packages()) [1] LibPath VersionPackage Version [4] Priority DependsImports[7]LinkingToSuggestsEnhances[10] LicenseLicense_is_FOSSLicense_restricts_use[13]OS_typeMD5sumNeedsCompilation[16] Built ap dim(ap) Depends Imports [7] LinkingTo Suggests Enhances [10] License License_is_FOSS License_restricts_use[13] OS_type MD5sum NeedsCompilation [16] Built ap dim(ap) 打开 ap 变量可以看出， 我们想安装的 airway 包根本不在， 当然， 这肯定是不存在的。 因为 airway 是 bioconductor 的包， 并非 R 默认。需要调整 contriburl 参数 ,如下： dim(available.packages(contriburl = /bin/windows/contrib/3.2/))[1] 8110 17 dim(ap)[1] 8155 17 dim(available.packages(contriburl = /packages/3.1/bioc/bin/windows/co ntrib/3.2/))[1] 1000 17 dim(available.packages(contriburl = /bioc//packages/3.1/bioc/bin/wind ows/contrib/3.2/))[1] 1000 ows/contrib/3.2/))[1] 1000 17 用这个参数， 可以看不同仓 库，甚至不同版本的 R 包共有哪些资源 !如何安装旧版本的 既然你点进来看，肯定是有需求。般来说， 既然你点进来看，肯定是有需求。 般来说， R 语言自带 的 install.packages 函数来安装一个包时，都是默认安装最 新版的。 但是有些 R 包的开发者他会引用其它的一些 R 包， 但是它用的是旧版本的功能，自己来不及更新或者疏忽了。 而我们