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DNA盘算中荧光技能的应用及其生长 张成 杨静 王淑栋 (北京大学信息科学技能学院，高可信度软件技能教诲部重点实验室，北京 100871) 摘要：DNA盘算作为前沿科学研究的重点和热点，已经从简朴生长为庞大，从理论转化为应用。在这一历程中，反响速度快，变革灵敏的荧光标志技能发挥了重要的作用。本文围绕DNA盘算和荧光标志技能两个方面进行说明。一方面，对近年来DNA盘算中荧光技能的应用进行了总结：（1）荧光标志的外貌盘算。（2）与某些酶切技能相结合的荧光检测。（3）与DNA链置换相结合的荧光技能。（4）与基因缄默沉静技能相结合的荧光DNA逻辑门。（5）与DNA自组装立体结构相结合的荧光技能。（6）与DNA变构相结合的荧光技能。另一方面，介绍了几种近年来生长起来的新型荧光技能：（1）荧光信号识别放大技能。（2）与磁珠技能相结合的荧光技能。（3）与PH值变革相结合的DNA荧光技能。（4）与miRNAs检测相结合的荧光技能。在今后的研究中，只有将这两者紧密结合，才气发挥DNA盘算天然的优势。 要害词：DNA盘算；荧光标志技能；纳米技能；DNA分子；杂交 1 引言 DNA由于其具有的特性，在大自然的进化中，被选择为稳定的遗传物质。在细胞中，DNA精细地编码并控制着整个细胞的新陈代谢。另一方面，DNA分子容易组成二级甚至三级结构。因此，DNA作为盘算东西有着得天独厚的优势1,2。近年来，DNA盘算领域生长迅速，尤其在DNA分子自组装、DNA纳米装置等方面3。然而陪同着DNA盘算解决问题的范围增大和形式多样化，求解历程中DNA分子数量急剧增加以及DNA分子结构庞大性的加大，求解历程中实验历程繁琐且存在误差，使得DNA盘算中解的标志和检测变得越发困难4。为了解决这一难题，荧光技能在DNA盘算中逐渐得到了遍及的应用。荧光是指某些物质受到某种波长的光引发后，其原子中的电子被引发到较高能级，产生的发射光。荧光物质分子都具有刚性结构和共平面的π-π共轭体系。在引发态时，这种结构具有稳定性，可以连续数秒钟，从而有利于能量的转移5。DNA荧光技能在生物学领域中已经有许多应用，如近年来生长起来的DNA荧光标志、real-time检测技能、分子信标技能等。荧光标志DNA简朴便捷，可以实时检测，并且灵敏度非常高，这些特点都使得其在DNA盘算中具有遍及的应用前景。 目前，结合荧光技能的DNA盘算已经成为前沿研究热点。荧光技能在DNA盘算中的应用主要有如下几类：（1）荧光标志的外貌盘算：通过DNA牢固化和杂交技能，在固相外貌通过荧光标志进行盘算。（2）与某些酶切技能相结合的荧光检测：利用特定酶与DNA分子的特性，通过检测酶切后荧光量进行盘算。（3）与DNA链置换相结合的荧光技能：巧妙利用DNA分子的三链甚至多链结构，通过参加引发链，来释放另一DNA链。（4）与基因缄默沉静技能相结合的荧光DNA逻辑门：利用RNAi技能控制表达荧光卵白，从而构建了多重逻辑门。（5）与DNA自组装立体结构相结合的荧光技能：在DNA自组装结构的底子上，结合了荧光标志技能。（6）与DNA变构相结合的荧光技能：通过DNA分子的差别状态，构建了可控的荧光纳米装置。 近年来，荧光技能不但应用于生物学自己，并且在DNA盘算、信息学等诸多领域具有很大的应用潜力。下面有几种近年来生长起来的新型荧光技能：（1）荧光信号识别放大技能。（2）与磁珠技能相结合的荧光技能。（3）与PH值变革相结合的DNA荧光技能。（4）与miRNAs检测相结合的荧光技能。相信随着DNA盘算和荧光技能的生长，这两者必将紧密结合，使得DNA盘算的种类和要领越发多样和成熟。 2 DNA盘算中荧光技能的应用 2.1荧光标志的外貌盘算 DNA外貌盘算其根本原理是：通过DNA牢固化和杂交技能，将代表所有可能存在解的差别DNA序列牢固在固相外貌，然后通过多次的杂交以及降解历程来筛选正解。通过荧光标志可以检测每次和最终盘算的结果。2002年，Adleman组使用杂交池完成了一个20个变量的3可满足性问题6。2004年XingPing Su等在2000年Liu7的事情底子上，设计了一种通用型的DNA外貌盘算模型8。同年，Kristiane A. Schmidt等利用单分子杂交荧光标志技能4个变量的可满足性问题9。 下面以2000年，Liu 等颁发在nature上的DNA外貌盘算经典实验为例，说明其解决SAT问题的历程7。由于该问题共有16种可能性，故将代表着差别可能解的DNA片段牢固在固相外貌。在每一次的杂交筛选历程中，参加与牢固DNA链特异性互补的DNA。那末，被杂交的牢固DNA链变为双链，而未互补的单链DNA则被核酸外切酶Ⅰ降解。通过数次操纵，存在于固相外貌的DNA链就是每次经杂交而保存下来的DNA链，也就是代表正解的