上机-第二代测序中的数据分析-基因组.docx

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上机?第二代测序中的数据分析 (基因组) 罗奇斌 练习— 基因组分析 目的 ?通过对NGS工具的安装、配置、运行来熟悉 Linux环境下的生物信息分析软件 ?学会对原始数据的质量评估、拼接组装、SNP Calling等分析过程 ?掌握初步的分析NGS数据能力 1.建立项目文件系统 ?建立合理的文件结构 -$ cd -$ mkdir bin projl tools -$ cd projl -$ mkdir reads fastqc ref snp-calling ?拷贝相关的分析工具 -$ cd -$ cp -r /home/training/tools/bwa ./tools/ -$ cp -r /home/training/tooIs/fastqc ./tools/ 一 $ cp -r /home/training/tools/samtools ./tools/ ?执行程序路径 - $ export PATH=$PATH:-/bin/ 2.分析工具的安装 FastQC 一 FastQC aims to provide a simple way to do some quality control checks on raw sequence data coming from high throughput sequencing pipelines BWA 一 Fast, accurate, memory-efficient aligner for short and long sequencing reads Samtools - Various utilities for processing alignments in the SAM format, including variant calling and alignment viewing 2.1 安装 FastQC ?解压缩 -$ cd ?/tools/fastqc/ 一 $ unzip fastqc_v0.10.1.zip ?激活执行命令 -$ cd FastQC -$ chmod +x fastqc ?建立执行路径 -$ cd -/bin/ $ In -s -/tools/fastqc/FastQC/fastqc ./ ?检测安装是否成功 -$ cd $ fastqc -h 说明:本文档中如没有特殊说明,〃$“表示在Shell环境下的输入提示 ngs0@luctdusbto:/horne/tratntng/ngs-bj/ngsO/tools/fastqc$ unzip fastqcvo?10.1.zip rchtve: fastqc_vO10.1.zip creating: inflating: inflating: inflating: creating: FastQC解压缩过程中显示的文档 Opening a sequence file.html Evaluating Results,htnl Saving a Report.html Sequence Length Dlstrtbution.html Duplicate Sequences.htnl FastQC/Contamtnants/ FastQC/Contamtnants/contarninantlist ? txt FastQC/fastqc FastQC/fastqcicorkAco FastQC/Help/ Operations/ Operations/2.1 operations/2.2 Operations/2.3 Modules/ Modules/duplication_levels?png Modules/kmer_proftles.png Modules/per_base_gc_content.png Modules/per_base_n_content * png Modules/perbasequaltty.png creating: FastQC/Help/1 inflating: FastQC/Help/1 creating: FastQC/Help/2 inflating: inflating: inflating: creating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: FastQC/Help/2 FastQC/Help/2 FastQC/Help/2 Fas

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