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上机?第二代测序中的数据分析(基因组)
罗奇斌
练习—基因组分析
目的
?通过对NGS工具的安装、配置、运行来熟悉 Linux环境下的生物信息分析软件
?学会对原始数据的质量评估、拼接组装、SNP Calling等分析过程
?掌握初步的分析NGS数据能力
1.建立项目文件系统
?建立合理的文件结构
-$ cd
-$ mkdir bin projl tools
-$ cd projl
-$ mkdir reads fastqc ref snp-calling
?拷贝相关的分析工具
-$ cd
-$ cp -r /home/training/tools/bwa ./tools/
-$ cp -r /home/training/tooIs/fastqc ./tools/
一 $ cp -r /home/training/tools/samtools ./tools/
?执行程序路径
- $ export PATH=$PATH:-/bin/
2.分析工具的安装
FastQC
一 FastQC aims to provide a simple way to do some quality control checks on raw sequence data coming from high throughput sequencing pipelines
BWA
一 Fast, accurate, memory-efficient aligner for short and long sequencing reads
Samtools
- Various utilities for processing alignments in the SAM format, including variant calling and alignment viewing
2.1 安装 FastQC
?解压缩
-$ cd ?/tools/fastqc/
一 $ unzip fastqc_v0.10.1.zip
?激活执行命令
-$ cd FastQC
-$ chmod +x fastqc
?建立执行路径
-$ cd -/bin/
$ In -s -/tools/fastqc/FastQC/fastqc ./
?检测安装是否成功
-$ cd
$ fastqc -h
说明:本文档中如没有特殊说明,〃$“表示在Shell环境下的输入提示
ngs0@luctdusbto:/horne/tratntng/ngs-bj/ngsO/tools/fastqc$ unzip fastqcvo?10.1.zip rchtve: fastqc_vO10.1.zip
creating: inflating: inflating: inflating: creating:
FastQC解压缩过程中显示的文档
Opening a sequence file.html Evaluating Results,htnl Saving a Report.html
Sequence Length Dlstrtbution.html
Duplicate Sequences.htnl
FastQC/Contamtnants/ FastQC/Contamtnants/contarninantlist ? txt FastQC/fastqc
FastQC/fastqcicorkAco
FastQC/Help/
Operations/ Operations/2.1 operations/2.2 Operations/2.3
Modules/
Modules/duplication_levels?png Modules/kmer_proftles.png Modules/per_base_gc_content.png Modules/per_base_n_content * png Modules/perbasequaltty.png
creating: FastQC/Help/1 inflating: FastQC/Help/1 creating: FastQC/Help/2 inflating: inflating: inflating: creating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating: inflating:
FastQC/Help/2
FastQC/Help/2
FastQC/Help/2
Fas
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