分子诊断学：基因组结构与特征-病毒基因组.pptVIP

* * * * * * 逆转录病毒基因组 逆转录病毒（Reverse Transcribing Viruses） DNA逆转录病毒（DNA Reverse Transcribing Viruses） RNA逆转录病毒（RNA Reverse Transcribing Viruses）（传统意义的逆转录病毒Retrovirus ） 所有发现的RNA肿瘤病毒均属RNA逆转录病毒 逆转录病毒的共同特点： 能够携带或编码逆转录酶（reverse transcriptase, RT）。 病毒感染细胞后，先以其RNA为模板，逆转录合成前病毒DNA（provirus DNA），再整合到宿主细胞染色体DNA中，随细胞基因组的复制和细胞分裂。 在宿主细胞RNA聚合酶Ⅱ的作用下，前病毒DNA又能重新转录成子代病毒基因组。 能与宿主基因发生重组，干扰宿主基因的表达。 逆转录病毒基因组结构和组成 gag基因－－编码核心蛋白，即DNA结合蛋白 pol基因－－编码病毒复制所需的酶类（逆转录酶、整合酶、RNaseH） env基因－－编码包膜蛋白 R－－10～80base（不同病毒）的正向重复顺序 U3 －－与转录终止和加polyA有关 U5－－含强启动子，起始转录RNA。 PBS －－反转录时tRNA引物的3′端结合位点 基因组内部的腺苷酸残基常有6-甲基化（m6A），有的还具有序列特异性。 5 ′端结构区依次为R、U5、PB、先导序列（Leader） 3＇端为PP、U3、R 这些末端结构序列是病毒基因组进行复制、转录、整合和包装的重要识别信号。 逆转录病毒基因组的结构 逆转录病毒基因复制的特点 逆转录病毒颗粒中还含有一些小RNA分子，大多数为tRNA。在逆转录病毒的复制过程中，tRNA可以作为基因组正链RNA合成的引物。 逆转录合成DNA时的引物 人类免疫缺陷病毒的基因组 人类免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus，HIV）已发现HIV-1和HIV-2两型，是引起人类获得性免疫缺陷综合症（acqired immunodeficiency syndrome，AIDS）的主要病原。 HIV主要攻击辅助性T淋巴细胞（helper T cell，Th），使被感染的细胞死亡或丧失功能，导致免疫系统紊乱和免疫缺陷。 HIV病毒粒子 HIV病毒 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 中山大学肿瘤防治中心 SUN YAT-SEN UNIVERSITY CANCER CENTER 第三节 基因组结构与特征 （二） 病毒基因组 病毒的结构与成份 病毒粒子 四种基本结构成份： 由一种核酸(DNA或RNA)组成的病毒基因组。 由病毒基因组编码的衣壳蛋白组成的衣壳。 来源于宿主细胞质膜系统（细胞膜、内质网膜或高尔基体膜）的包膜。 病毒颗粒中的其它内容物，包括酶、核酸结合蛋白及金属离子等。 病毒基因组的一般特征 病毒基因组的大小及碱基组成 病毒基因组大小变化很大，变化范围在1.5×103 ～6×106 bp之间，可编码5～数百个基因。 乙型肝炎病毒基因组仅有3.2 kb，仅编码6个蛋白质。 存在重叠基因及由前体mRNA逐渐剪接成多个编码片段的现象。 病毒基因组有4种核酸类型： 双链DNA 单链DNA 双链RNA 单链RNA 只含一个核酸分子，或含数个核酸分子（分段基因组） 线状分子或环状分子 根据国际病毒分类委员会（The International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV）分类： 第一组：双链DNA病毒（dsDNA Viruses） 第二组：单链DNA病毒（ssDNA Viruses） 第三组：双链RNA病毒（dsRNA Viruses） 第四组：正链RNA病毒（ (+)ssRNA Viruses） 第五组：负链RNA病毒（ (-)ssRNA Viruses） 第六组：RNA逆转录病毒（RNA Reverse Transcribing Viruses） 第七组：DNA逆转录病毒（DNA Reverse Transcribing Viruses）、亚病毒因子（Subviral Agents）、卫星（Satellites） 、类病毒 （Viroids）等 病毒基因组的组成和分类 根据基因组复制和表达机制不同而划分的病毒类型 描述病毒基因组： 核酸的性质（DNA或RNA） 核酸链的数量及大小 链末端的结构 核苷酸序列 编码能力（即能编码的蛋白质数） 调控元件（操纵元件、启动子和终止子） 病毒基因组的结构特点 （一）帽子和poly