2傅启华 NGS应用于遗传性疾病分子诊断（福州）.pptVIP

发色底物法：FX:C=109.4% 病人 OD405=0.3565 远端关节屈曲畸形 远端关节屈曲畸形（Distal arthrogryposis，DA）是一种先天性多发性关节挛缩畸形遗传病，主要表现为2个或2个以上关节的挛缩畸形，并且不包括神经和肌肉疾病所导致的关节畸形。 典型的临床特点：手部关节屈曲畸形、手指重叠及手指向尺侧测斜；马蹄内翻足，仰趾外翻足，垂直距骨；腕关节、肘关节、膝关节等先天性屈曲伴活动受限，髋关节脱位等。 目前，至少将DA分为10种亚型，所有DA亚型具有一些共同的表现：手足均受累及、近端关节较少受影响、表现度（expressivity）不一 DA致病机制 迄今，已鉴定出至少10个基因突变与DA有关 Type Gene DA1 TPM2, MYBPC1, TNNI2, MYH3 DA2A MYH3 DA2B TNNT3, TNNI2, MYH3, TPM2 DA3 PIEZO2 DA5 PIEZO2, ECEL1 DA6 FGFR3 DA7 MYH8 DA9 FBN2 案例 先证者为2岁男孩，其父母非近亲婚配。出生后即发现双手双足畸形，但生长发育未见明显异常，于2012年10月上旬到我院骨科门诊就诊。 骨科门诊检查发现先证者双手挛缩，双手拇指内收且拇指比正常长，不能伸直，但双手具备基本功能；双足挛缩，不能走路，其余检查未发现明显异常。 先证者姐姐同样具有先天性双手双足畸形，且双足已经手术矫正但效果欠佳； 先证者父亲患有双手畸形，双足正常，余无殊。 先证者母亲G3P2，头胎女儿出生后即死亡，但死婴是否患有此类手足畸形情况不明。患儿母亲孕期正常，为自然顺产。 先证者父母否认双方亲属有遗传病史。先证者及其受累家系成员经过详细体检和检查均未发现其他明显异常。 Molecular defect identified by WES in a pedigree of distal arthrogryposis 共得到286个候选致病变异 初步确认TNNI2基因（NM_003282）c.533TG（p.F178C）是该家系的致病突变 是TNNI2基因的新突变。 该变异经Sanger测序验证，并与疾病表型完全共分离 TNNI2 c.533TG,p.F178C F178C突变位于TNNI2蛋白的C-末端，位点具有高度进化保守性 phyre2工具分析表明，该突变可导致TNNI2蛋白二级结构的改变 诊断 DA是一组临床表现和遗传病因均高度异质的疾病。 同时，由于不完全外显、表现度不一、不同DA亚型存在临床表现的重叠以及缺乏对不同亚型自然病程的了解，对DA的鉴别诊断和分型、尤其是DA1、DA2B/SHS和DA2A/FSS造成很大的困扰。 实际上，相同亚型的DA患者其临床表现也各不一样，甚至在同一个DA家系中多个患者罹患不同亚型的DA，因此为DA1、DA2B和DA2A是同一种疾病的连续表现形式这一认识提供了证据。 在本研究中，先证者及先证者姐姐均表现双手手指屈曲畸形、大拇指偏长、双马蹄内翻、不能行走、小下颌畸形；此外，未见嘴唇撅起、明显鼻唇沟、短颈、矮小、智力低下、小嘴等异常表现。先证者父亲仅出现双手手指屈曲畸形，未见其他明显可见异常表现。 根据该家系临床表现特点，我们最终将其诊断为DA2B。 NGS应用于疾病基因诊断存在的问题 基因变异致病性的确定（缺乏统一、精确注释、经审核的基因型-表型数据库;文献报道中有27%的致病变异实为多态性或注释错误 Sci. Transl. Med. 2011,3, 65ra4 ） 偶然发现结果的报告（ACMG指南及引发的争议） 二代测序实验中目的片段测序的不完整性（可能丢失致病性变异） 缺少非编码区域致病性变异的发现工具和知识 利用NGS进行遗传病分子诊断的质量控制 在应用NGS进行遗传病的分子诊断过程中，必须对NGS实验和数据分析的各个方面进行严格的质量控制以保证结果的真实、可靠 Arch Pathol Lab Med. doi: 10.5858/arpa.2014-0250-CP Nat Biotechnol.?2012 Nov;30(11):1033-6 NGS应用于遗传病分子诊断的未来 Lu, et al. N Engl J Med.?2014 Aug 14;371(7) 在许多遗传性疾病中，普遍存在等位基因异质性（同个基因不同的变异）和基因座位异质性（同一种疾病具有不同基因的变异），需要积累更多的表型-基因型信息 需要更精细和更标准化的表型信息 Hum Mutat 33:884–886, 2012 测序费用下降、基因型驱动的分子诊断？ NGS需要下一代表型 * 下一代测序技术在遗传性疾病分子诊断中的应用 上海交通大学医学院儿科转化医学研究所 上海儿童医学中心精准医疗实验诊断中心 傅