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2021年生物信息学实验报告 2021年生物信息学实验报告 PAGE / NUMPAGES 2021年生物信息学实验报告 生物信息学试验汇报 姓名: __ 王思____ __ _ 学号: ___ _ ___ 指导老师: __ 宋晓峰 _ 南京航空航天大学 4月 试验一 生物信息数据库检索 试验目: 1.了解生物信息学各大门户网站以及其中关键资源。 2.了解关键数据库内容及结构, 了解各数据库注释含义。 3.以PubMed为例, 学会文件数据库基础查询检索方法。 试验内容: （1）国际与中国生物信息中心 国际NCBI、 EBI、 ExPASy, EMBL、 SIB、 TIGR以及中国CBI、 BioSino网站熟悉及内容了解。 核酸序列数据库: genbank/EMBL-bank/DDBJ NCBI网址: EBI网址: EMBL网址: 蛋白质序列数据库: Swiss Prot 、 ExPASy网址: Uniprot网址: 蛋白质结构数据库: PDB网址: （2）数据库内容、 结构与注释浏览 分别读取The spike protein of SARS-Corona Virus在NCBI中核酸序列、 SWISS-PROT蛋白质序列以及PDB蛋白质结构序列, 熟悉数据库统计结构, 学会看懂其中注释。 核酸序列: SWISS-PROT蛋白质序列: PDB蛋白质结构序列: 其PDB文件见附件SARS-Corona Virus.PDB文件 分别读取Heamagglutinin Genes of H9N2 Subtype Influenza A Viruses（禽流感H9N2亚型HA基因）在NCBI中核酸序列、 SWISS-PROT蛋白质序列以及PDB蛋白质结构序列, 熟悉数据库统计结构, 学会看懂其中注释。 核酸序列: SWISS-PROT蛋白质序列 PDB蛋白质结构序列 其PDB文件见附件H9N2.PDB文件 （3）文件信息查找与管理 有效地使用NCBI PubMed提供多种关键功效, 查询并下载相关课题或研究方向论文文摘与文件全文。 查询Influenza A Viruses分子进化研究方向文章。 试验要求: 以其中一个信息中心网站为例, 列举其中关键资源（数据库、 网上分析、 生物计算、 数据下载等）。 以NCBI为例, 其关键数据库: BioProject (formerly Genome Project)、 Conserved Domain Database (CDD) 、 \o Database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP) 、 \o GenBank、 \o Influenza Virus 、 \o Journals in NCBI Databases 、 \o MeSH Database 、 \o Nucleotide Database 、 \o Online Mendelian Inheritance in Animals (OMIA) 、 \o Protein Clusters 、 \o Protein Databas、 PubMed 、 \o Reference Sequence (RefSeq) 、 \o Structure (Molecular Modeling Database) 、 \o Third Party Annotation (TPA) Database 、 \o UniGene 、 \o Viral Genomes 等 网上分析: BLAST 、 VecScreen 、 ORF Finder 、 COGnitor等 生物计算: 数据下载功效以下: （2）能够解释给定序列或基因组数据含义。 （3）检索文件技巧和效率。 试验二 序列多重比对及进化分析 试验目: 学习序列比对工具BLAST以及ClustalW等使用, 能够对序列数据进行初步分析。 掌握基于DNA序列和蛋白质序列构建系统进化树常见方法和常见工具。 试验内容: 在GeneBank数据库中, 检索10条轮状病毒（Homo sapiens, Rotavirus）VP7基因DNA序列, 并使用CLUSTALW软件对序列进行多重序列比对; 检索结果详见电子稿附件VP7文件夹: senquence1.fasta -senquence10.fasta 多重序列比对结果: 多重序列比对结果详见电子稿附件: senquence.aln文件 在GeneBank数据库中检索10条SARS病毒Spike蛋白氨基酸