药物生物信息学.pptVIP

六、dbEST 是EST数据库 网址是：/dbEST 第三十一页，共69页。 七、TRANSFAC 关于转录因子及其结合位点的数据库 网址为：http://transfac.gdf.de/Transfac 第三十二页，共69页。 八、TRRD 真核生物转录调控数据库 网址：www.bionet.nsc.ru/trrd 第三十三页，共69页。 九、 COMPEL 此数据库收集了脊椎动物在转录调节区的调节元件信息 网址：www.gene-regulation. 第三十四页，共69页。 十、 CUTG 密码子使用频度表（CUTG），是通过Genbank中DNA序列统计出来的 网址：www.kazusa.or.jp/codon 第三十五页，共69页。 第四节 蛋白质序列数据库 第三十六页，共69页。 一、SWISS-PROT数据库 该数据库力图提供高水平的数据注释信息，包括对蛋白质功能、结构域的结构、蛋白质翻译后的修饰、突变体的描述。其目标是提供禁垦恩更详尽的、很少冗余的数据，而且数据库中的连接可以直结链接到其它资源上 数据库的网址为： www.ebi.ac.uk/swissprot。 第三十七页，共69页。 二、PIR数据库 PIR是国际上最大的公共蛋白质序列数据库，是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库。所有的序列都经过整理，超过99％的序列已经按蛋白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家族进行了分类 数据库网址为： 第三十八页，共69页。 三、PROSITE数据库 收集了生物学有显著意义的蛋白质位点和序列模式，并能根据这些位点和模式快速可靠地鉴别一个未知功能蛋白的蛋白序列应该属于哪一个蛋白家族 网址为：www.expasy.ch/prosite 第三十九页，共69页。 四、PRINTS数据库 是建立在蛋白质指纹技术之上的数据库。蛋白质序列指纹图谱是基于多序列的对比结果，它有比对结果得到一系列相当保守的序列模体构建而成，用来表示蛋白质家族特征 数据库网址为： www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS 第四十页，共69页。 五、TrEMBL数据库 翻译的EMBL，是1996年创建并增补到SWISSPROT数据库中 序列是一些免疫球蛋白和T细胞受体、少于8个氨基酸的碎片、合成的序列、具有专利的序列和不能编码真正蛋白的密码子 网址为： ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/database/trembl 第四十一页，共69页。 六、NRL-3D数据库 包含在PIR数据库中，从蛋白质结构数据库PDB中提取出来的序列构成的数据库库 网址为： /pir/nrl3d.html 第四十二页，共69页。 第五节 蛋白质结构数据库 第四十三页，共69页。 除了生物序列数据库外，生物大分子的三维结构数据库是另一类重要的分子生物学数据库 蛋白质空间结构数据库是随着X射线晶体衍射分子结构测定技术出现而出现的数据库 PDB是一个重要的蛋白质结构数据库，在蛋白质序列数据库诞生之前的20世纪70年代就已经问世 PDB数据库网址为：/pdb 第四十四页，共69页。 第六节 蛋白质结构分类数据库 PDB数据库中虽然有几千套数据，但其中许多突变体的结构，以及高度同源结构，蛋白质折叠模式是有限的，最著名的结构分类数据库是英国研究小组建立的，分别是SCOP和CATH SCCP：http://scop.mrclmb.cam.ac.uk/scop. CATH: www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath 第四十五页，共69页。 第五节 常用生物软件 第四十六页，共69页。 一、Primer Premier5.0 Primer Premier5.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件可以进行引物设计窗口、酶切分析、基元分析（Motif） 第四十七页，共69页。 二、DNAStar 可以进行ORF的寻找、酶切位点分析、同源序列比对等分析 第四十八页，共69页。 三、Bandscan 是一款对蛋白质电泳条带进行定量分析的软件 第四十九页，共69页。 药物生物信息学 第一页，共69页。 第一节 药物生物信息学概论 第二页，共69页。 一、概念 生物信息学随着人类基因组计划的全面开展和深入而出现的一门新兴的学科 2004年2月已经有170多个生物的基因组被测定，核苷酸数目达到200亿 对这些数据进行处理分析就必须发展新的分析理论、方法、技术和工具，所以必须依赖计算机的信息处理 第三页，共69页。 生物信息学就是在上述背景下发展起来的综合应用生物学、数学、物理学、信息学、计算机科学等诸多学科的理