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微生物代谢调节代谢工程;术语;术语; 代谢物流定量是代谢工程关键分析技术, 尤其与代谢物生产研究相关
目标是使尽可能多碳从基质流向代谢产物。
代谢物流分析是一个定量计算经过多种路径物流强有力技术。; 用于代谢物流分析方法是一个适适用于全部关键胞内反应化学计量模型和围绕胞内代谢物物料平衡。
输入到计算中是一套测量物流, 经典有基质吸收速率和代谢物分泌速率。如用富集C13碳源做试验和测量胞内代谢物富集C13部分再加上一套模型限制条件, 便可如愿地测量胞内物流。最终, 还可将相关同位素分布信息用于取得更多相关胞内代谢物信息。; 代谢物流分析应用:
(1)定量各路径物流(测量流入和流出细胞碳)
用化学计量模型和测得物流计算代谢物生产速率。
(2)判别细胞路径中刚性分支点(节点)
经过比较不一样突变株和不一样操作条件下各路径物流分布能够判别路径节点是刚性还是柔性。;(3)不一样路径存在判别
经过计算不一样细胞路径代谢物流能够判别哪些路径很可能存在, 并取得相关同工酶或路径功效信息。
(4)非测量所得胞外物流计算
被测量物流数目胞内物流数目;(5)考察另部分路径对物流分布影响
可做部分设想, 如插入一条新路径或同功酶(或将其消除)是否含有消除该限制主动效果, 从而引发所需物流增加。
;(6)最大理论得率计算
基于化学计量模型, 如已知多种限制条件, 便能够计算一已知代谢物最大理论得率。此值对揭示过程得率上限有用。
此模型曾应用于棒状杆菌Lys和产黄青霉青霉素生产上, 求得不一样比生长速率下最大青霉素理论得率, 并发觉, 当比生长速率从0提升到0.05h-1时, 理论得率急速下降。;产黄青霉青霉素生产分析中作者发觉在6-磷酸葡萄糖节点上物流分担比
与基于葡萄糖青霉素得率之间相互关系。这种关系表现在青霉素
生产需要大量NADPH。; 代谢工程一个最为关键方面是物流控制。
代谢物流分析只是对不一样路径相互作用研究和围绕支点物流分布定量有用, 无法评定物流怎样得到控制, 即代谢物合成与转化速率怎样在外部条件改变很大情况下保持严密平衡, 而不至于引发代谢物浓度灾难性地升高或下降。; 反馈抑制、协同作用、酶共价修饰和酶合成控制发觉, 引入部分可能对控制物流有一定作用分子效应。早期发觉认为, 路径第一个酶, 分支后第一个酶往往是速率限制步骤, 受到某种类型调整, 如反馈抑制作用。; 以青霉素合成为例, 在培养第一阶段物流控制关键在路径头一步, 即由ACV合成酶(ACVS)形成三肽, LLD-ACV。随即培养物流控制移到路径第二步, 即由异青霉素N酶(IPNS)将LLD-ACV转化为异青霉素N。这种物流控制移动是因为胞内聚积了LLD-ACV, 这是ACVS抑制剂。
显然, 在此提出速率限制步骤或瓶颈说法是没有意义。除了物流控制波动, 路径中物流控制大多数是由头两步实现。另外, 经过模型分析发觉, FCC值取决于溶氧浓度, 它是IPNS催化反应一个基质。; 物流求和理论说明: 酶物流控制系数(FCC)不是哪个酶单独固有而是系统所含有性质。当酶活性从很低水平提升到很高水平, 其物流控制系数也会改变。显然, 其她酶活性即使未变, 其物流控制系数也会改变。这是因为不管酶在哪一水平, 路径中全部酶物流控制系数之和等于1。这显著是一个相互作用, 其她部分酶量改变也会引发酶物流控制系数改变。;了解
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