《毕业实习大纲》教学大纲（本科）.docxVIP

PAGE PAGE 175 毕业实习大纲 一、毕业实习目的及要求 （一）毕业实习目的 毕业专题实践是学生大学的最后学习阶段，在这一阶段，学生在导师的指导下，综合运用所学基础与专业理论知识进行科学研究，培养创新意识、团结协作精神和严谨的科学作风，提高解决实际问题的能力。因此，毕业专题实践是理论与实践相结合，教学与科研生产相结合的过程，是对学生进行综合素质教育的重要途径，是实现本科学生培养目标的重要阶段。 通过毕业专题实践，培养生物技术专业学生理论联系实际，综合运用数学、计算机、生物医学学科知识进行创新实践的能力；发现、分析和解决生物医院领域未解决难题的能力；获取、分析和利用网络公共信息的能力；基本的科学研究思维和方法、严谨的科学作风；撰写科学论文的基本思路和技能；沟通、协调和组织工作能力；职业道德、职业能力和团结协作精神；创新意识和创新能力；研究性学习的能力。 （二）毕业实习要求 第九至十学期安排毕业实习及毕业设计 36 周，其中第九学期 22 周，第十学期 14 周。要求毕业生经过一年的科研训练，毕业前独立完成学士论文，内容具有创新性及实用性，并且能够通过科研诚信论文查重系统检测。 毕业实习经历导师双向选择，每名学生确定一名固定指导教师，完成论文开题、中期考核、论文盲审、论文查重并通过毕业答辩。 二、毕业实习内容 生物技术专业（生物医学软件工程方向）旨在于培养具有扎实计算机软件设计功底的生物医药科学研究领域人才，要求培养的学生掌握生物信息学研究领域软件、具备开发相关软件的能力。 （一）生物医学软件开发部分 介绍几款分子生物学软件 掌握内容：学会JAVA、Perl、R等软件开发语言，能够熟练的运用算法设计，语言编程，完成生物医学软件开发。 了解内容：几个常见的生物信息学软件的介绍，软件的算法及设计思想。 简单生物学数据处理 掌握内容：利用生物医学软件编程语言进行文件读写，简单生物学数据的下载，利用文件读写实现生物学数据的简单处理。 了解内容：文件读写的异常问题，数据的生物学意义。 复杂生物学数据处理 掌握内容：对象集合（List，Set，Map），不同对象集合的特点，复杂生物学数据的下载，利用对象集合处理复杂生物学数据。 了解内容：生物学意义以及数据的标准化，对象集合的异常问题处理。 生物学软件开发 掌握内容：生物学软件的设计思想，软件分析、设计及编码。了解内容：软件的测试与部署。 （二）生物信息学专业知识部分 1.DNA、RNA和蛋白质序列信息资源 掌握内容：通过国际互联网获取DNA、RNA和蛋白质序列信息的方法和技巧，三大核酸 （GenBank、EMBL、DDBJ）数据库和蛋白质（SWISS-PROT）数据库的登陆网址和数据库内容。了解内容：核酸、蛋白质数据库发展历史；生物信息学数据库发展趋势及其对生物医学的影响。 2.双序列比对 掌握内容：核酸或蛋白质序列比对所用到的几种典型的替换记分矩阵的原理和意义。常用数据库搜索工具的原理和使用方法，如何定量的描述序列的相似性。 了解内容：序列同源与序列相似、垂直同源和水平同源的区别。常用数据库搜索工具的参数的意义。 多序列比对 掌握内容：几类不同的多序列比对方法，学生应掌握不同方法的特点与适用条件，参数的设定及其意义，学生应理解使用不同的参数进行比对可对结果产生显著的影响，并理解这种影响是怎么产生的。 了解内容：学会使用几个重要的多序列比对与基因组数据相结合的网站，即Ensembl基因组浏览器（Ensembl Genome Browser）和UCSC基因组浏览器（UCSC Genome Browser），这些网站所包含的大量基因组比对和基因组注释信息是非常重要的生物信息学资源。 序列特征分析 掌握内容：原核生物基因和真核生物基因结构特点；蛋白质结构特点；DNA序列特征及其分析方法；蛋白质序列特征及其分析方法，用于DNA序列特征分析和蛋白质序列特征分析的相关软件的使用。 了解内容：RNA二级结构的预测方法；有关序列综合分析软件的功能、运行环境、参数设计等。 分子进化分析 掌握内容：进化基因组，分子进化树定义及特点，分子进化树间距离计算，基于距离的分子进化树构建方法。 了解内容：进化科学的历史进程。 蛋白质和蛋白质组学 掌握内容：结构域、蛋白质家族的概念；蛋白质功能。 了解内容：蛋白质组学的基本概念；生物信息的历史和蛋白质组学在其中的位置；蛋白质组学的主要研究方向和领域。 基因注释与功能分类 掌握内容：基因及其产物的注释体系和注释数据库；基因集功能富集分析方法和常用工具； OntoExpress软件的使用；KEGG数据库使用；AmiGO数据库，功能富集分析中的常见注意事项和误区。 了解内容：基基因及其产物的功能预测方法因组功能注释在功能基因组学中的意义；GO和 KEGG数据库产生与