分子生物学检验：基因组结构与特征-病毒基因组.pptVIP

第三节 基因组结构与特征 （二） 病毒基因组 病毒的结构与成份 病毒基因组的一般特征 病毒基因组的大小及碱基组成 病毒基因组大小变化很大，变化范围在1.5×103 ～6×106 bp之间，可编码5～数百个基因。 乙型肝炎病毒基因组仅有3.2 kb，仅编码6个蛋白质。 存在重叠基因及由前体mRNA逐渐剪接成多个编码片段的现象。 病毒基因组有4种核酸类型： 双链DNA 单链DNA 双链RNA 单链RNA 只含一个核酸分子，或含数个核酸分子（分段基因组） 线状分子或环状分子 病毒基因组的组成和分类 根据国际病毒分类委员会（The International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV）分类： 第一组：双链DNA病毒（dsDNA Viruses） 第二组：单链DNA病毒（ssDNA Viruses） 第三组：双链RNA病毒（dsRNA Viruses） 第四组：正链RNA病毒（ (+)ssRNA Viruses） 第五组：负链RNA病毒（ (-)ssRNA Viruses） 第六组：RNA逆转录病毒（RNA Reverse Transcribing Viruses） 第七组：DNA逆转录病毒（DNA Reverse Transcribing Viruses）、亚病毒因子（Subviral Agents）、卫星（Satellites） 、类病毒 （Viroids）等 根据基因组复制和表达机制不同而划分的病毒类型 病毒基因组的结构特点 描述病毒基因组： 核酸的性质（DNA或RNA） 核酸链的数量及大小 链末端的结构 核苷酸序列 编码能力（即能编码的蛋白质数） 调控元件（操纵元件、启动子和终止子） （一）帽子和poly（A）尾结构 大多数真核生物病毒的正链RNA、双链RNA病毒的正链RNA，其病毒mRNA都具有5′端有帽子、3′端有poly(A)尾的结构。 有些病毒的mRNA没有5′端帽子结构，但能利用5′端非编码区的RNA形成的空间结构作为增强子，参与蛋白翻译。 5′端帽子与3′端poly(A)尾对RNA有保护作用，参与蛋白翻译且与病毒的感染性有关。 （二）末端重复序列结构 1.粘性末端 2.末端正向重复序列 又称末端冗余（terminal redundancy），指双链DNA两端所存在的相同核苷酸序列，经过外切酶处理，就能形成多联体分子，进一步切割退火处理，能产生双连环状DNA分子。 3.末端反向重复序列（inverted terminal repeat，ITR） （三）高效基因组 1.重叠基因（overlapping gene） 一段DNA序列有两个或两个以上的开放阅读框（Open Reading Frame，ORF) ，可以编码两种或两种以上的多肽链。 2.少间隔区 （四）分段基因组（segmented genome） 分段基因组多见于正链RNA病毒、负链RNA病毒及双链RNA病毒。 分段基因组的病毒一般感染效率较低，只有全部基因组核酸片段存在时，病毒才具有感染能力。 分段基因组易发生重配，病毒容易变异。病毒之间核酸片段交换，基因组各片段在子代病毒中随机分配，称基因重配。 DNA病毒基因组 DNA病毒基因组又分为单链DNA和双链DNA两种，以线状或环状分子存在。该病毒本身不携带以DNA为模板的RNA聚合酶，其转录依赖于核转录酶。 双链DNA病毒基因组 绝大多数动物DNA病毒基因组为双链DNA 1．双链线状DNA病毒 如：疱疹病毒科、腺病毒科和痘病毒科等。 2．双链环状DNA病毒 如：乳头瘤病毒科等 嗜肝DNA病毒科（如：HBV）的DNA聚合酶具有逆转录酶活性，因而ICTV把其归为逆转录病毒。 HBV的基因组的特点 乙型肝炎病毒（hepatitis B virus，HBV）属嗜肝DNA病毒科 HBV基因组是已知可感染人类,又能独立进行复制的双链DNA病毒中最小和最高效的, 长约3.2kb。 （一）HBV基因组的不完全双链环状结构 2/3为双螺旋结构，1/3为单链，长链为负链，短链为正链。 短链的长度长约1.6～2.8kb,约为长链的2/3。 （二）HBV基因组编码基因 重叠的基因序列比较多 已确定的ORF有4个,分别编码病毒的核壳（C）和包膜（S）蛋白，病毒复制酶（聚合酶)及一种与病毒基因表达有关的蛋白质X。 Pre-C区编码一个信号肽，在组装和分泌病毒颗粒以及在HBeAg的分泌中起重要作用。 两个功能未确定的ORF,即ORF-5和ORF-6，与X基因重叠。 ORF6是由正链DN