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安徽师范大学硕士学位论文 运用捕获测序鉴定红原鸡 运用捕获测序鉴定红原鸡 摘 要 红原鸡 （redjungle fowl；Gallusgallus）是家鸡的野生祖先，是家鸡研究工作的重 要生物资源。受人类活动影响，红原鸡的栖息地不断缩减，其数量也因捕杀而减少。 除此之外，人类饲养的家鸡与同域分布的红原鸡存在杂交，基因渗入对红原鸡的基因 库造成基因污染，这些使得红原鸡的生存现状受到严重的威胁。目前，红原鸡已被列 入 《国家重点保护野生动物名录》和 《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》中。 对于红原鸡的鉴定，已有的报道表明传统基于形态分类的方法需要对整个个体样 本进行测量观察，鉴定效果有待商榷。本课题基于羽毛等少量生物样本，使用高通量 捕获测序技术，分别对线粒体DNA 基因组全序列和核基因组SNP 位点进行捕获测序 （target capture sequencing），运用群体遗传学系统分析比较两者对红原鸡的鉴定能力， 摸索可行可靠的红原鸡分子遗传学鉴定方法。对红原鸡的遗传学和保护生物学研究提 供有力的技术支持，主要结果如下： 1. 线粒体DNA 基因组全