生物学常用软件简介.pptxVIP

第1页/共88页生物学常用软件简介第2页/共88页前言生物信息学是一门新兴的交叉学科，它将数学和计算机知识应用于生物学，以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息，从而理解这些信息的生物学意义。上面是狭义的生物信息学含义,也是现阶段生物信息学的基本工作.第3页/共88页内容概要一 生物信息学软件的主要功能简介1.数据的基本处理2.序列的比对3.基因/基因组的注释4.Snp分析5.进化分析6.基因表达分析7.蛋白质结构预测第4页/共88页二.生物学软件部分常见功能使用技巧PCR 引物设计DNA、蛋白质序列同源分析及进化树构建Contig Express----DNA 序列片断拼接DNA 模拟电泳 第5页/共88页三 生物信息学软件的系统平台生物信息学软件一般可以分成商业的和开源的两大类,大部份商业的软件都是用在windows平台下的,而大部分开源软件是在unix/linux平台下的.大部分的软件基于unix/linux平台.第6页/共88页一 生物信息学软件的主要功能简介1.数据的基本处理(1)数据的常用格式:生物信息学中数据的常用格式有:Fasta、NBRF/PIR，EMBL、CLUSRAL、Genbank、phylip等。这些格式虽然不同，但用一些软件可以进行转换，下面一起看一下Fasta和EMBL第7页/共88页FASTA格式又称Pearson的格式，该序列格式要求序列的标题行以大于号开头，下一行起为具体的序列。一般建议每行的字符数不超过60个，以方便程序处理。多条核苷酸序列格式即将该格式连续列出即可 第8页/共88页ID identification code for sequence in the databaseAC accession number giving origin of sequenceDT dates of entry and modificationKW key cross-reference words for lookup up this entryOS, OC source organismRN, RP, RX, RA, RT, RL literature reference or sourceDR i. d. In other databasesCC Description of biological functionFH, FT information about sequence by base position or range of positiions source range of sequence, source organism misc_signal range of sequence, type of function or signal mRNA range of sequence, mRNA CDS range of sequence, position of intron mutation sequence position, change in sequence for mutationSQ count of A, C, G, T and other symbolsgaattcgata aatctctggt ttattgtgca gtttatggtt ccaaaatcgc cttttgctgt 60atatactcac agcataactg tatatacacc cagggggcgg aatgaaagcg ttaacggcca 120..// symbol to indicate end or sequence EMBL格式第9页/共88页(2)峰图转化(phred)Phred是phred\phrap软件包的一部分，主要是用来分析和装配基因组中大片段序列。 phred能处理测序仪直接生成的色谱图，并且产生相关的信息。 phred\phrap软件包由华盛顿大学分子生物技术学院的Phil?Green和Brent?Ewing开发，主要用于学术科研活动。官方网站： 中文教程： /chinese/documents/quickguide/guidePhrap.pdf第10页/共88页第11页/共88页(3)文件转换(phd2fasta)作用：把phred或phrap的计算结果转换成fasta格式软件的主页：/mtucker/Public/Consed/phd2fasta.html第12页/共88页（4）载体屏蔽(cross_match)它是phrap软件的一