基因组序列的诠释.pptxVIP

基因组序列的诠释;基因组序列的诠释;5.1 在基因组中搜寻基因一、根据序列分析搜寻基因;在获得基因组或DNA序列后，可以采用人工或计算机序列筛选的方法来获得基因。目前，使用比较多的方法是ORF（opening reading frames）扫描 ORF：每个编码蛋白的基因都含有ORF，它是由一系列密码子组成，通常以ATG开始，TAA、TGA、TAG结束。通过寻找起始密码子和终止密码子的ORF序列是寻找基因的一种重要的方法 寻找ORF的成功的关键在于终止码在DNA序列中出现的频率 ;CG含量;高等真核生物DNA的ORF的阅读障碍： 基因间存在大量非编码序列（人类基因组占70%） 很多基因含有内含子 由于多数外显子长度100个密码子，当读码进入到内含子时很快就遇到终止密码，从而难以判断读码的准确性;根据开放读码框(ORF)预测基因;Kozak规则: 若将第一个ATG中的碱基A，T，G分别标为1, 2 , 3位，侧翼碱基序列具有以下特征： 第4位的偏好碱基为G ATG的5’端约15bp范围的侧翼序列内不含碱基T 在-3，-6和-9位置，G是偏好碱基 除-3，-6和-9位，在整个侧翼序列区，C是偏好碱基;gene 1..1033 /gene=FSHB /gene_synonym=FSH-beta /note=follicle stimulating hormone, beta polypeptide /db_xref=GeneID:396895 CDS 72..461 /gene=FSHB /gene_synonym=FSH-beta /note=follicle stimulating hormone beta-subunit; FSH-B; follitropin beta chain; follicle-stimulating hormone beta subunit; follitropin subunit beta; follitropin b; sig_peptide 4323..4415 /locus_tag=MucpaDRAFT_6207 /note=Signal predicted by SignalP 3.0 HMM gene 5309..5518 /locus_tag=MucpaDRAFT_6208 CDS 5309..5518 /locus_tag=MucpaDRAFT_6208 ;4201 taaactcagg tgcgcatgaa ttatgagata agatatagtt acaattggaa aatatctatt 4261 taaaaatcca tttttttatt aagaatttta tttttctaaa actgttaaaa ttaatgatgc 4321 atatgttttg tataaaaaga ttaattcctt taaaacttaa acagctttca gttgggctga 4381 tcgtccttct tttgtcccag gtttattgta ttgcgcagga taaaactacc ggccagcctt 4441 taataattag tttcgatagg gctatagtta attcaccacc tgtaagctac ggctttaacc 4501 ccttctataa aaaatatgct gacgctttcg gaatcccaat tatttcatca gagaaggtat 4561 ctgatgatgc gctgttgatt gctcgggata tcatcaacta tatgctgtta aaacggcccg 4621 acatccgtgc tggaatgatt aaacttggtg cgagattatc tattattgga aagtcggaaa 4681 tgcaaaccga tcttccagaa tgccatgatt ggaagaaacc cacttatgat gatggccggt 4741