『R画图脚本进阶』单个基因结构绘制.docxVIP

『R画图脚本进阶』单个基因结构绘制 ... 果然需求是?产?驱动的第?要素 以前没想过要整，现在?需求了，其实 TBtools 就可以很?便的绘制，不过还是?痒想?R实现?下。就? ggplot2撸出来了。国际惯例，上图 Gh_A08G039000.jpg ?法和原理 其实就是把gff?件可视化?下，看GFF?件的介绍：陈连福?佬的博客-GFF3格式介绍 我们发现GFF3包含了基因整体信息，所以就想**根据gff?件信息，提取UTR和cds信息? ggplot2 的 geom_segment ??段?段?段的画出来。其实很简单。注意以下?个信息： strand，?向性。 exon是否包含UTR。 所以鉴于这两点也是写了两个判断。直来直去的代码有点辣眼睛，不过没时间了，先解决问题，以后在慢慢美化 _ 。 Script 更新后， 之前的不删除了，看最后能优化成什么样 drawGeneStructure = function(gff,size,lcolor){ names(gff) = c(chr,source,type,start,end,score,strand,phase,attributes) chr = unique(gff$chr) strand = unique(gff$strand) a = filter(gff,type == gene)$attributes de