通过计算蛋白—蛋白相互作用网络中的最短途径来筛选肺癌相关基因的中期报告.docxVIP

通过计算蛋白—蛋白相互作用网络中的最短途径来筛选肺癌相关基因的中期报告 中期报告： 肺癌是一种常见的恶性肿瘤，其发病机制复杂，涉及多个细胞信号传导通路和基因。因此，筛选肺癌相关基因是研究肺癌发生机制和开发治疗方法的重要方向。本研究旨在利用蛋白—蛋白相互作用网络分析方法，筛选参与肺癌发生的关键基因。 本研究利用STRING数据库中的蛋白—蛋白相互作用关系，构建了与肺癌相关的蛋白质相互作用网络。网络包含了从STRING中收集到的与肺癌相关的3,162个蛋白质节点和118,888个相互作用边。然后，使用基于最短路径的方法计算网络中蛋白质节点之间的最短路径，以找到肺癌相关基因之间的关系。 在计算最短路径时，先选取9个已知与肺癌相关的基因作为种子节点，分别为EGFR、KRAS、TP53、ALK、ROS1、RET、MET、BRAF和ERBB2。然后，计算这9个种子节点与其他蛋白质节点之间的最短路径，并筛选出最短路径长度小于等于3的蛋白质节点作为候选基因。最终，共筛选出了1,466个候选基因。 进一步对这些候选基因进行Gene Ontology（GO）和KEGG通路富集分析，发现这些基因参与了多个肺癌相关通路，如AKT信号通路、细胞周期调控、细胞凋亡等。 综上，本研究利用蛋白—蛋白相互作用网络分析方法，筛选出了1,466个可能与肺癌发生相关的基因，为研究肺癌发生机制和开发治疗方法提供了基础数据和相关通路信息。后续研究将进一步验证这些候选基因的相关性和生物学意义。