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泛素化修饰与蛋白质降解调控 乌霉是一个由76个氨基酸组成的多级氨基酸，广泛存在于真核生物中，并具有很高的保守性。一个或多个泛素分子在一系列酶的作用下与底物蛋白质分子共价结合的翻译后修饰过程称为泛素化修饰(Ubiquitination/Ubiquitylation)。泛素化修饰最早被发现的功能是标记靶蛋白,使之被蛋白酶体识别并降解,整个过程涉及泛素分子、底物蛋白、多种酶系统(如泛素激活酶(Ubiquitin-activating enzyme,E1)、泛素结合酶(Ubiquitin-conjugating enzyme,E2)、泛素连接酶(Ubiquitin-protein ligase,E3)、去泛素化酶(Deubiquitinating enzyme,DUB)),以及蛋白酶体,它们共同构成了泛素-蛋白酶体系统(Ubiquitin-proteasome system,UPS)[2~5]。泛素-蛋白酶体系统介导了真核生物体内80%~85%的蛋白质降解,该蛋白质降解途径具有依赖ATP、高效、高度选择性的特点。泛素化修饰是一种重要的翻译后修饰,其扮演的角色远比最初认识的要多得多,还参与调控诸如转录因子活性、逆转录病毒的出芽、受体的内吞作用和溶酶体的运输、胰岛素水平和TGF-β通路等。研究表明泛素化修饰的作用已不仅仅局限于介导蛋白质的降解,泛素化修饰还可以直接影响蛋白质的活性和定位。蛋白质修饰及降解贯穿几乎所有细胞活动,包括基因表达、细胞增殖、分化、衰老、凋亡和自噬,也调控着个体的生长、发育和衰老。蛋白质的调控异常往往伴随着个体的发育异常或疾病的发生,与各种人类重大疾病的发生、发展、诊断和治疗密切相关。由于底物蛋白广泛存在于细胞中,泛素化修饰调控的细胞活动主要包括细胞周期、细胞凋亡、转录调控、DNA损伤修复及免疫应答等[13~17]。 随着泛素化修饰研究的深入,越来越多泛素化修饰相关的蛋白质组学数据不断产出,对这些数据进行合理地组织、存储、管理以及分析显得十分必要,现今泛素化修饰的生物信息学研究主要围绕泛素化修饰相关蛋白质数据库的建立、泛素化修饰网络的构建和分析以及泛素化修饰位点的预测等方面展开,随着实验数据的产出及生物信息学技术的发展,对泛素化相关蛋白质数据的解读将更为全面,帮助科研工作者更为深入地理解泛素化修饰的机制。 1 蛋白质数据库的开发 随着世界范围内泛素化修饰相关的研究报道越来越多,泛素-蛋白酶体系统相关蛋白质数据不断产出,合理地组织、储存、呈现以及更新这些数据显得很有必要,这也是进行后续数据分析工作的基础,针对这一问题,很多实验室予以关注,形成了一些较有特色的数据库,这里予以简要介绍。 1.1 数据库基于物质研究的应用 Ubi Prot(.ru/)是一个收录泛素化修饰底物蛋白的数据库,由俄罗斯下哥罗德国立医学院创建。该数据库旨在系统地组织收录泛素化底物蛋白数据,供深入研究使用,它的建立对泛素化领域的研究具有重要意义。Ubi Prot数据库中每个数据条目描述了特定的泛素化底物蛋白信息,包括蛋白的性质、物种来源、泛素化修饰特征、参考文献及相关链接等。该数据库主要包含了一些大规模组学实验数据,其余的底物蛋白数据是从针对特定蛋白的泛素化修饰实验研究中得到的,数据库所有的条目都是通过人工手动的方式进行提取并注释的。Ubi Prot数据库以泛素化底物数据为主要收录对象,但是该数据库数据信息并不完善,比如很多条目的底物并不包含相应的E1、E2、E3信息,且数据较为陈旧,后续更新情况不理想,可能是由于其采用的是人工提取的方法并缺少及时维护。 该数据库收录的主要是酵母和人的泛素化底物蛋白数据,其中来源于酵母的数据有948个,来源于人的数据有137个,其中来源于人的泛素化底物数据规模很小,并且相应条目的注释信息不够完善,加之该数据库长久不更新,使用起来较为不便,但是该数据库的建立具有开创意义,它是首个专门针对泛素-蛋白酶体系统进行数据收集的数据库,首次尝试将分散的泛素化底物蛋白数据进行组织整理,且该数据库具备数据提交的功能,Ubi Prot的发布对于泛素化修饰的生物信息学研究具有重要意义。 1.2 数据库质量控制 hUbiquitome(51/hmdd/hubi/)是北京大学发布的一个数据库,旨在收录高可信度的实验验证的人类泛素化相关蛋白质,该数据库共收录了1个E1、12个E2、138个E3、279个底物蛋白以及17个去泛素化酶。该数据库规模较小,但可信度较高,由于收录的全部为实验验证的数据,且为人工手动录入,提高了数据库所收录数据的可靠性,但同时降低了数据量,倘若加入质量控制体系,多渠道收集数据并对数据进行打分,将对提高数据量有所帮助。此外,该数据库的条目注释信息较少,每个条目包含的相关信息不多,但该数据库包含了数据提交功能,更为友好的