生物信息数据库课件.pptxVIP

生物信息数据库1、模式生物2、資料庫

humanArabidopsis擬南芥ThermotogamaritimaEscherichiacoli大腸桿菌Buchnerasp.APSRickettsiaprowazekiiUreaplasmaurealyticumBacillussubtilisDrosophilamelanogasterThermoplasmaacidophilumPlasmodiumfalciparumHelicobacterpylorimouseCaenorhabitiselegansratBorreliaburgorferiBorreliaburgorferiAquifexaeolicusNeisseriameningitidisZ2491Mycobacteriumtuberculosis第一節模式生物

人類基因組，模式生物基因組計畫人類基因組計畫（HumanGenomeProject,HGP）1990年啟動，預計2003年完成。由美、日、德、法、英、中六國參加。測出人類約3,000,000,000堿基對的序列（相當於每頁3,000個字母，共需100萬頁印完）。中國承擔其中的1%。VenterCollins

人類基因組，模式生物基因組計畫模式生物基因組計畫酵母、線蟲、果蠅、細菌共約50多種已完成，水稻等70餘種正在進行。目前總量已達60億堿基對！

已經完成全序列測定的基因組中文名稱數目備注古細菌10包括熱自養甲烷菌、熱球菌等真細菌42其中5個細菌各測定了多個菌株真核生物5酵母、線蟲、果蠅、智人、擬南芥細胞器201質粒164?噬菌體90包括不同亞類或不同菌株類病毒36包括不同亞類或不同菌株病毒126包括不同亞類或不同菌株引自(Oct,2001)http://www.ebi.ac.uk/genomes/

virusesplasmidsbacteriafungiplantsalgaeinsectsmollusksreptilesbirdsmammalsGenomesizesinnucleotidepairs(base-pairs)10410810510610710111010109Thesizeofthehumangenomeis~3X109bp;almostallofitscomplexityisinsingle-copyDNA.Thehumangenomeisthoughttocontain~30,000to40,000genes.bonyfishamphibians

Homosapiens智人蛋白質編碼基因數在2.7萬至4萬之間（但最新的估計在6.5萬至7.5萬之間）

噬菌體（Bacteriophage）寄生於細菌內的病毒如：大腸桿菌噬菌體(coliphages)遺傳物質：單鏈/雙鏈、環狀/線狀、DNA/RNA模式生物(ModelOrganism)

模式生物(ModelOrganism)病毒（Virus）不具有細胞形態結構，僅由核酸和蛋白質構成；如：人愛滋病毒HIV、SARS冠狀病毒體積小，10～300nm；嚴格的專性細胞內寄生；對抗生素不敏感。電子顯微鏡下的SARS冠狀病毒100nm

Escherichiacoli

大腸桿菌大腸桿菌是研究得最為詳盡的一個模式生物。這種只有1.6微米長的、可以迅速繁殖的單細胞原核生物，已經成為實驗室和基因工程的重要工具。EscherichiacoliO157:H7EscherichiacoliK12模式生物(ModelOrganism)

Saccharomycescerevisiae

釀酒酵母真菌界的單細胞真核生物，有16個染色體。它的全基因組已在1996年測定。模式生物(ModelOrganism)

秀麗線蟲Caenorhabditiselegans

一種透明的、生活在海灘泥沙中的小蟲。細胞數目一定：成蟲細胞數目只有959個，其中包括302個神經元；

有6條染色體，全基因組於1998年測定，長9.7Mb

模式生物(ModelOrganism)

Drosophilamelanogaster

果蠅繁殖很快、容易誘發變異的小昆蟲。總長達1.8億核苷酸。模式生物(ModelOrganism)

Arabidopsisthaliana

擬南芥個體生活週期只有6周的十字花科小草，是一種理想的模式植物。模式生物(ModelOrganism)

模式生物(ModelOrganism)非洲瓜蟾（Xenopuslavias