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医学影像分析工具的应用
【实验目的】
1.熟悉软件ITKsnap的基本操作；
2.掌握ITKsnap半自动勾画、半自动3D分割和自动插值等功能；
3.掌握ITKsnap标注图像、标注文件和工程文件的保存；
4.熟悉软件3DSlicer的基本操作；
5.掌握3DSlicer的图像标注、自动插值等功能；
6.掌握3DSlicer文件的保存。
【实验内容】
一、ITKsnap的基本操作。加载图像文件CT-chest.nrrd，完成以下操作：
1.人工标注(勾画)与快速标注（勾画）。利用图像标注功能，实现感兴趣区域ROI
的勾画：选择PolygonMode多边形勾选功能，对第100张切片的轴向面（A）
进行ROI区域的人工勾画，效果如图1-1所示。采用screenshot功能按钮将
勾画结果图像进行截屏，保存为snapshot0001.png。利用PolygonMode标
注的复制粘贴功能，实现快速标注：标注多个切片，并查看其3D效果。最
后，将本题的标注信息保存为文件snap.nii.gz。
图1-1轴向面（A）及其ROI区域
2.在上一题的基础上，以第100张切片的轴向面（A）为参照图像，描述Export
菜单下ImageSlice、Screenshot和ScreenshotSeries3种图像导出方式的
不同特点。
3.半自动标注（勾画）。利用PaintBrush笔刷实现对气管的半自动勾画：对切片
编号100~110中的气管进行半自动勾画，其2D和3D效果如图1-2所示。
图1-2气管标注图像2D和3D效果
4.半自动3D分割。利用ActiveContourSegmentationMode实现半自动3D分
割：在70号切片上选取一块区域，如图1-3所示，对其进行半自动3D分割，
给出分割结果的3D视图。
图1-3半自动3D分割的区域选取示例
5.自动插值功能。在63号切片上半自动标注一块区域，如图1-4所示，利用
interpolate功能实现对切片编号63~85中对应区域的自动插值标注，给出自
动插值结果的3D视图。
图1-4切片63上选取的区域示例
6.文件的保存：将工作空间文件保存为exp1.itksnap。
二、3DSlicer的基本操作。加载图像文件CT-chest.nrrd，完成以下操作：
1.图像标注功能。选取一幅切片图像，测试图像标注工具markups的各项标注
工具，将测试结果保存为markup.png。
2.自动插值功能。在冠状面R中选取一块组织或区域，例如图2-1对一个切片
中的气管进行标注，调用Fillbetweenslices功能实现标注的自动插值，将其
3D视图的结果保存为fbs.png。
（隔几层标注，Fillbetweenslices—initialize--apply--show3D）
图2-1切片中气管区域标注示例
3.标注区域重叠的处理。采用paint进行标注，当两个标注区域出现重叠即交集
时，分别实现保留标注1的完整性、保留标注2的完整性和保留两个标注的
完整性，并将结果保存为cd.png。本题示例结果如图2-2所示。
图2-2标注区域重叠示例
4.文件的保存：将本工程文件保存为Scene.mrb。
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