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2024-04-26 发布于江苏
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中草药2024年4月第55卷第7期ChineseTraditionalandHerbalDrugs2024AprilVol.55No.7·2375·

不同生态类型菘蓝SLAF-seq分子标记

刘东，孟瑾瑾，王盼，陈红刚，王惠珍，杜玻*

甘肃中医药大学药学院，甘肃兰州730000

摘要：目的探究不同生态类型菘蓝Isatistinctoria表型差异和特异位点扩增片段测序（specific-locusamplifiedfragmentsequencing，SLAF-seq）分子标记。方法以25个不同生态类型菘蓝为研究对象，利用SLAF-seq技术开发SLAF标签，再结合菘蓝叶片叶表观特征的田间观测，分析不同生态类型菘蓝植株表观差异。结果测序后各样品所获得的读长总量各不相同，测序质量值Q30为95.66%～96.60%，GC比例为38.13%～41.37%。共开发535105个菘蓝SLAF标签，多态性SLAF标签有34412个，共得到63002个群体单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism，SNP）标记。测序分析结果与叶表观特征调查结果相结合，可以将25个不同生态类型菘蓝分为5类，分别为倒卵圆形无缺刻皱缩叶、倒卵圆形缺刻皱缩叶、倒卵圆形无缺刻平坦叶、倒卵圆形缺刻平坦叶、披针形无缺刻平坦叶。结论为后期进一步研究不同类型菘蓝的基因来源和遗传进化提供参考，为菘蓝种质分类、品种鉴定和分子辅助育种提供借鉴。

关键词：菘蓝；生态类型；SLAF标签；SNP；群体结构

中图分类号：R286.12文献标志码：A文章编号：0253-2670(2024)07-2375-08

DOI:10.7501/j.issn.0253-2670.2024.07.023

SLAF-seqmolecularmarkersindifferentecologicaltypesofIsatistinctoria

LIUDong,MENGJinjin,WANGPan,CHENHonggang,WANGHuizhen,DUTao

CollegeofPharmacy,GansuUniversityofChineseMedicine,Lanzhou730000,China

Abstract:ObjectiveToexplorethephenotypicdifferencesandspecific-locusamplifiedfragmentsequencing(SLAF-seq)molecularmarkersofIsatisindigogenesfromdifferentecologicaltypes.MethodsUsingtwenty-fivedifferentecologicaltypesofIsatisindigoticaasresearchobjects,SLAFlabelsweredevelopedbySLAF-seqtechnique,andtheapparentdifferencesofIsatisindigoticaplantswereanalyzedbyfieldobservationofleafapparentcharacteristics.ResultsAftersequencing,thetotalreadlengthofeachsamplewasdifferent,thesequencingqualityvalueQ30was95.66%—96.60%,andtheGCratiowas38.13%—41.37%.Atotalof535105IsatisindigoticaSLAFlabelsand34412polymorphicSLAFlabelsweredeveloped,resultingin63002singlenucleotidepolymorphism(SNP)markers.Combiningtheresultsofsequencinganalysiswiththeinvesti