基因组测序技术和基因识别(完整版)-PPT课件.pdf

主要内容

•一、基因组测序技术

•二、基因识别

一、基因组测序技术

•大规模DNA测序技术使全基因组的测序成为可能。

•现有测序仪所能测得的序列长度有限，一般500-

1000bp。而基因组序列长度远大于此，必须经过下

列过程才能测得：

打碎测序拼接

鸟枪法

杂交测序法

1、鸟枪法

•鸟枪法（shotgunmethod）,也称霰弹法。将DNA

分子打碎，得到长度在500-1000bp之间的小片段，

对这些片段测序，然后根据他们之间的关系进行

拼接，得到最终目标序列。

拼接过程

•查找能顺箭头方向依次经过各顶点的所有通路中权值之和

最大的，即为拼接后的序列。

1

ab

1adbc，权值8AGGTCCTAAA

2bcad，权值7

4

3badc，权值5311

3

4cadb，权值10

dc

TCCTAAAAGG

5dbca，权值81

拼接结果：AGGTCCTAAA

最大权的哈密顿路径问题（Hamiltontourproblem）

2、杂交测序法

•杂交测序法（sequencingbyhybridization，SBH）

•基本原理是：构建基因微阵列（microarray，也称基因芯

片，genechip），让待测序列与其反应，然后由反应获

得的信息确定待测序列的局部序列，最后根据这些局部序

列重构目标序列。

•基因微阵列（microarray，也称基因芯片，genechip），

将高密度DNA片段阵列以一定的排列方式使其附着在基片

上而形成。

AAATAGACTATTTGTCGAGTGGGCCACTCGCC

AA

AT

AG

ACACTG

TA

TT

TG

TC

GA

GT

GG

GCGCAC

CACACT

CTCTGA

CG

CC

目标序列：CGTGACT互补序列：GCACTGA

•由测出的局部序列：GCAC、ACTG、CTGA、CACT，可

以重构目标序列的互补序列GCACTGA，从而得到目标序

列CGTGACT。

•可用求最大权值的哈密顿