基因组学理论课 基因组学.ppt

1.3.4异常结构基因重叠基因(overlappinggene)：编码序列彼此重叠的基因，含有不同蛋白质的编码序列。病毒基因组、某些高等生物线粒体基因组和核基因组中发现。主要类型：单个的mRNA可编码2种或多种蛋白质，如大肠杆菌噬菌体ΦΧ174基因组长5386bp，共编码11个基因。由不同的启动子转录的彼此重叠的mRNA，各自编码不同的蛋白质。如人类核基因组INK4a/ARF座位有2个蛋白质产物p19和p16。GenomeorganizationoftheSARS-CoV基因内基因(genes-within-genes)：常常一个基因的内含子中包含其他基因。如人类基因组神经成纤维细胞瘤Ⅰ型基因的一个内含子中含有3个较短的基因，分别为OGMP,EV12A和EV128。反义基因(antisencegene)：与已知基因编码序列互补的负链编码的基因。人类基因组中含有大约1600个反义基因。不对称转录(asymmetrictranscription)在DNA分子双链上某一区段，一股链用作模板指导转录，另一股链不转录；模板链并非永远在同一条单链上。5?3?3?5?模板链编码链编码链模板链结构基因转录方向转录方向1.3.5假基因假基因(pseudogene)：系指来源于功能基因但已失去活性的DNA序列，有沉默的假基因，也有可转录的假基因。如编码序列出现终止密码子突变，或者插入和缺失某些核苷酸使mRNA移码，造成翻译中途停止或异常延伸，合成无活性的蛋白质。第一类假基因：称为重复的假基因。由重复产生的假基因其位置一般与起源的基因拷贝邻近排列，保留着祖先基因的组成特点，有些细胞器（线粒体）基因组的基因转移至核基因组。第二类假基因：称为加工的假基因。这类假基因由RNA反转录为cDNA后再整合到基因组中。已不含原来基因的内含子以及两侧序列；分散在整个基因组中；大多数为5′残缺。第三类假基因：为残缺基因，它们缺失了或长或短的基因片段，常常位于基因家族内部，由不等交换及重排产生。第2章遗传图绘制测序策略-----作图法测序：绘制高密度分子标记遗传图和大分子DNA克隆重叠群（contig）覆盖的基因组物理图根据分子标记所在的位置将遗传图和物理图彼此衔接绘制基因组整合图在此基础上，将单个大分子DNA克隆逐个随机测序，随后进行序列组装。这是一种由上而下(uptodown)的测序策略。鸟枪法测序：全基因组鸟枪法随机测序，随后将序列重叠的片段构建重叠群。以大分子DNA克隆为基准，将随机测序搭建的重叠群归并到所在的大分子克隆内。最后以分子标记为基点将归并的鸟枪法DNA片段锚定到染色体上。………ATGCCGTAGGCCTAGCTAGGCCTAGCTCGGA……………ATGCCGTAGGCCTAGCTCGGA……基因组DNABAC文库根据物理图谱正确定位的BAC或contig用于霰弹法测序的候选克隆用于霰弹法测序的亚克隆测序并组装完整的基因组序列逐步克隆法（ClonebyClone）全基因组霰弹法（WholeGenomeShot-gun)基因组DNA霰弹法克隆测序并进行全基因组序列组装完整的基因组序列遗传作图(geneticmapping)采用遗传学分析方法将基因或其他DNA分子标记标定在染色体上构建连锁图称之为遗传连锁图（geneticlinkagemap）或遗传图（geneticmap）。这一方法包括杂交实验，家系分析。遗传图的图距单位为厘摩(cM)，每单位厘摩定义为1%交换率。遗传图的绘制是人类基因组研究的第一步，即以染色体上某一点为遗传