结构质量验证与比对学习资料.ppt

****甘氨酸脯氨酸*RMS：rootmeansquare*实际上存在这样的情况，即两个蛋白质的序列完全不同，但是它们却具有相似的结构。因此，为了发现具有相似结构的蛋白质，需要在结构水平上比较蛋白质。*（2）DALI（DistanceMatrixAlignment）用距离矩阵表示要比较的结构；Cα原子两两之间的距离列成矩阵在矩阵中寻找重合区域，把重合区域连成片；对角线重合的部分表示相似的主链构象对角线之外重合的部位表示相似的三级结构一个相对于另一个水平或竖起移动的重叠区域，表示在结构中存在缺失或插入。分支界限法寻找重合区域最优解；对225个代表性结构进行两两比较，得出平均得分和相应的标准差，得到z-score。http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_lite/start（3）CE(Combinatorialextension)八肽片断距离对每条蛋白质链上的任意8个残基进行组合，比较Cα原子的距离矩阵确定对齐的片段对，寻找下一个对齐的片段对；动态规划方法优化，循环得到最优比对；对25%非冗余集建立均方根偏差（rmsd）和空位的分布，将两个正态分布的z-score组合得到z-score。/jfatcatserver/ceHome.jsp类型Pair——PairwiseAlignment(2structuresonly);Multi——MultipleStructureAlignment蛋白质结构比对软件※Class:Cα--BackboneAtom(Cα)Alignment;SSE--SecondaryStructureElementsAlignment;Surf--ConnollyMolecularSurfaceAlignment.NAMEDescriptionClassTypeLinkMAMMOTHMAtching?Molecular?Models?Obtainedfrom?TheoryCαPairserverCECombinatorial?ExtensionCαPairserverTM-alignTM-scorebasedproteinstructure?alignmentCαPairserverSSAPSequential?Structure?Alignment?ProgramSSEPairserverLGALocal-Global?AlignmentCαPairserverPOSAPartial?Order?Structure?AlignmentCαMultiserverFATCATFlexibleStructure?AlignmenT?by?Chaining?AlignedFragmentPairsAllowing?TwistsCαPairserverdeconSTRUCTDatabasesearchonsubstructurallevelandpairwisealignment.SSEMultiserverMatrasMArkovian?TRAnsitionofprotein?StructureCαSSEPairserverFASTFAST?Alignmentand?Search?ToolCαPairserverProFitProteinleast-squares?FittingCαMultiserverTOPOFITAlignmentasasuperimpositionofcommonvolumesatatopomaxpointCαPairserverLOVOALIGNLow?Order?Value?OptimizationmethodsforStructural?AlignmentCαPairserverMattMultiple?Alignmentwith?Translationsand?TwistsCαMultiserverTopMatchProteinstructurealignmentandvisualizationofstructuralsimilarities;alignmentofmultiproteincomplexesCαPairserverNAMEDescriptionClassTypeLinkRAPIDORapid?Alignmentof?Prote