《猪SINE反转录转座子插入多态（RIP）分子标记遗传多样性检测技术规程》编制说明.pdf

《猪SINE反转录转座子插入多态（RIP）分子标记遗传多样

性检测技术规程》（征求意见稿）

编制说明

一、工作简况，包括任务来源、起草单位、协作单位、标准主要起草

人及其所做的工作等；

任务来源于“关于征集2022年江苏省农学会团体标准（第二批）立项项目

的通知”，由江苏省农学会提出并负责组织制定。

本标准起草单位：扬州大学、江苏省畜牧总站。

本标准主要起草人：陈才、王宵燕、宋成义、高波、潘雨来、王勇、朱慈根。

本标准制定过程中主要由陈才、王宵燕、宋成义负责文本起草、资料收集、

分析调研、试验验证等工作，由高波、朱慈根负责试验对比、分析调研、技术经

济论证和数据分析等工作，由潘雨来、王勇负责资料收集及文本修改等工作。

二、制定（修订）标准的必要性和意义

转座子(transposon)又称转座元件(transposableelements,TEs)，是广泛存在于

生物基因组中的一段DNA序列，可以在基因组上自由的跳跃、复制或移位，产

生物种内丰富的遗传多样性。转座子占哺乳动物基因近50%的比例，其中猪(Sus

scrofadomesticus)的转座子占基因组比重约40.72%。转座子尤其是反转录转座子

的各种活动是基因和基因组进化的动力。根据转座子尤其是反转录转座子建立的

新型分子标记转座子插入多态性已成为研究生物基因组的进化、生物多样性和分

子育种的重要工具。目前，基于反转录转座子的分子标记已经可以成熟应用于植

物品种指纹图谱，遗传多样性和亲缘关系分析。近年来在畜禽上，反转录转座子

的插入多态挖掘及应用研究也逐渐受到重视，已经初步用于生物多样性、基因进

化和品种鉴定等方面研究，目前，鸡、兔、猫和鹿等都开展了相关的研究。SINE

反转录转座子是猪基因组中拷贝数最多的一类转座子，拷贝数超100万个。并且

其自身长度在100-500bp之间，年轻SINE转座子的长度聚集在280bp左右，且

研究证实年轻SINE在不同个体间存在丰富的插入多态性。基于上述特点，针对

SINE转座子形成的插入多态性变异而开发分子标记具有天然的优势。

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本实验室开发的基于SINE反转录转座子的分子标记，经在中国部分地方猪，

小型猪和江苏地方猪群体中进行群体遗传学分析证实，相比较于其他标记，可以

准确反映中外猪种群体遗传多样性，以及不同品系、血统之间的亲缘关系，可以

用于作为品种鉴定，遗传多样性分析，遗传图谱构建及亲缘关系分析。因此，急

需针对SINE反转录转座子插入多态（RIP）分子标记进行群体多样性检测标准

的问世，从而规范使用SINE反转录转座子插入多态（RIP）分子标记进行群体

多样性检测和分析。

本标准规定通过使用SINE反转录转座子插入多态（RIP）分子标记进行猪

遗传多样性检测的技术规程，适用于猪群体遗传多样性和群体结构分析，主要包

括遗传杂合度、等位基因频率、多态信息含量、遗传距离、聚类分析等。

目前尚无利用SINE反转录转座子插入多态（RIP）进行猪遗传多样性检测

的国家标准，江苏省也无相应团体标准。

三、主要起草过程（需根据标准制定程序各阶段的进展不断补充，直

到形成报批稿可发布为止）

首先，成立了《猪SINE反转录转座子插入多态（RIP）分子标记遗传多样

性检测技术规程》标准起草工作组，并制订了详细的工作计划，包括资料收集、

样品的采样计划，实验计划，数据的统计分析和汇总等。

其次，收集当前群体遗传多样性检测标准，分子标记技术的研究进展，以及

转座子多态分子标记开发及应用进展等资料，并对当前研究人员、企业工作人员

对分子标记的使用情况进行调研、分析。

再者，整理当前的研究方案和验证结果，起草形成猪SINE反转录转座子插

入多态（RIP）分子标记遗传多样性检测技术规程初稿，进而编制草案征求意见

稿。

四、主要条款的说明

1.样品DNA的制备

采样个体应具备该品种的典型特征，每品种采集要求三代内无血缘关系的猪

个体不少于60头，其中雄性数量不少于10%。样品的采集及保存应满足提取DNA

的要求，并详细记录材料名称、来源、系谱、采集时间、地点及保存条件。

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样品DNA制备方法用苯酚氯仿法或试剂盒法。