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应用幽门螺杆菌的多基因风险评分预测胃癌的发生风险

摘要

目的：

胃癌的发生发展与多种因素有关，其中幽门螺杆菌感染具有十分重要的作用。

然而，幽门螺杆菌感染者的临床结局差异较大，仅有少数感染者最终发展成为胃癌。

本研究通过验证幽门螺杆菌单核苷酸多态性（SNPs）位点与胃癌发生风险的相关性，

基于与胃癌相关的幽门螺杆菌单核苷酸多态性位点建立多基因风险评分（PRS），并

利用多基因风险评分模型在预测幽门螺杆菌感染者的胃癌发生风险。

方法：

在既往研究中共筛选出15个与胃癌相关的幽门螺杆菌单核苷酸多态性位点。在

Genbank数据库中收集并纳入了1022个具有公开基因组序列的全球菌株，其中胃癌

组253个，胃炎组769个。在纳入的全球菌株中，利用统计分析对筛选出的15个单

核苷酸多态性位点与胃癌的关联进一步验证。根据PRS计算公式，计算每个单核苷

酸多态性位点对胃癌发生风险的影响效应，并基于验证的单核苷酸多态性建立了

PRS模型。采用五分位数法评估在全球菌株中PRS评分与胃癌风险的相关性。在全

球菌株中，利用随机森林方法评估PRS预测模型预测胃癌发生风险的性能。对1022

个全球菌株构建Neighbor-Joining系统进化树，从而对纳入的幽门螺杆菌进行分群。

利用随机森林法进一步评估了不同幽门螺杆菌种群间PRS模型对胃癌发生的预测性

能。

结果：

1.对全球数据集中筛选的15个单核苷酸多态性位点与胃癌之间的关联性分析显

示，在幽门螺杆菌基因组88029、140797、241625、803467-803470、854415、1117402

位点的风险等位基因频率在胃癌组中显著高于非胃癌组（P0.05）。

2.基于经过验证的6个单核苷酸多态性位点对胃癌发生风险的影响效应计算了

PRS评分。胃癌组和非胃癌组的平均PRS值分别为8.64±1.71和6.99±1.27，与

非胃癌组比较，胃癌组PRS值显著升高（P=5.6E-36）。结果表明，基于幽门螺杆

菌SNPs计算的PRS评分与胃癌风险具有相关性。

3.分位数法显示，胃癌风险的比值比（OR）值从PRS模型的第1至第5分位数逐

渐增大，第5分位数OR值高达9.76（95%CI:5.84-16.29）。随机森林分析法显示，

用于胃癌和非胃癌分类的曲线下面积（AUC）值为0.75（95%CI:0.71-0.78），表

明基于幽门螺杆菌单核苷酸多态性建立的PRS预测模型能够预测胃癌的发生风

险。

4.Neighbor-Joining系统进化树将1022个菌株分为了5个种群，分别是hpEastAsia、

hpAsia2、hpEurope、Americarelatedpopulations和Africarelatedpopulations。随

机森林法评估PRS模型在不同幽门螺杆菌种群中对胃癌发生风险的预测性能的

结果表明，PRS模型对hpEurope菌株的胃癌发生风险具有良好的预测能力，AUC

值为0.78（95%CI:0.70-0.85）。

结论：

1.幽门螺杆菌基因组在88029、140797、241625、803467-803470、854415、1117402

位点的单核苷酸多态性与胃癌发生风险具有相关性。

2.基于幽门螺杆菌单核苷酸多态性位点建立的PRS评分模型与胃癌发生风险具有

相关性。

3.基于幽门螺杆菌单核苷酸多态性构建的PRS评分模型在全球菌株中对胃癌的预

测性能良好，特别是对于感染hpEurope菌株的个体。

硕士研究生：王啸宇（内科学消化系病）

指导教师：董全江教授

关键词：多基因风险评分；幽门螺杆菌；胃癌；单核苷酸多态性

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