2025年大学《生物信息学》专业题库—— 转录组数据分析中的生物信息学方法.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——转录组数据分析中的生物信息学方法

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题（每题2分，共20分）

1.转录组测序数据中，Reads通常指的是？

A.单个DNA片段

B.经过质量控制的原始测序读段

C.基因组中的所有外显子

D.转录本聚集体

2.RNA-seq数据中，常用的质量控制指标RIN（ReadsperIntervalNormalized）值，其值越高代表？

A.数据量越大

B.数据质量越差

C.数据质量越好

D.转录本数量越多

3.对原始测序数据进行质量控制，常用的工具软件不包括？

A.FastQC

B.Trimmomatic

C.HISAT2

D.Samtools

4.将RNA-seq数据映射到参考基因组时，常用的比对工具软件不包括？

A.HISAT2

B.STAR

C.BLAST

D.Bowtie2

5.RNA-seq数据定量基因表达水平，常用的方法不包括？

A.RSEM

B.Salmon

C.DESeq2

D.Bowtie2

6.差异表达基因分析中，通常使用的统计模型是？

A.t-test

B.ANOVA

C.NegativeBinomialDistributionmodel

D.Chi-squaredtest

7.差异表达基因分析中，通常设置的显著性阈值是？

A.p0.05

B.p0.01

C.FDR0.05

D.FDR0.01

8.RNA-seq数据中，用于检测基因表达量变化的实验设计类型是？

A.互惠实验

B.单因素实验

C.双因素实验

D.重复实验

9.RNA-seq数据中，用于评估基因表达量变化的倍数变化是？

A.FoldChange

B.p-value

C.RPKM

D.FPKM

10.RNA-seq数据中，用于可视化基因表达模式的热图，通常使用哪种软件工具？

A.R

B.Python

C.C++

D.Java

二、填空题（每空2分，共10分）

1.RNA-seq数据中，用于去除低质量reads和接头序列的步骤是__________。

2.RNA-seq数据中，用于将reads映射到参考基因组上的步骤是__________。

3.RNA-seq数据中，用于定量基因表达水平的步骤是__________。

4.RNA-seq数据中，用于检测基因表达量变化的步骤是__________。

5.RNA-seq数据中，用于可视化基因表达模式的技术是__________。

三、简答题（每题10分，共30分）

1.简述RNA-seq数据分析的流程，并说明每个步骤的主要目的。

2.简述RSEM和Salmon两种基因表达定量方法的原理和区别。

3.简述t-test和NegativeBinomialDistributionmodel两种差异表达分析方法的原理和区别。

四、实验设计题（20分）

设计一个RNA-seq实验，用于研究某种药物对细胞基因表达的影响。请说明实验目的、实验设计、数据获取、数据分析方法等内容。

五、论述题（20分）

讨论RNA-seq数据分析中可能存在的偏倚和误差，并提出相应的解决方案。

试卷答案

一、选择题

1.B

解析：Reads是测序仪输出的原始数据单元，即单个测序读段。

2.C

解析：RIN值是衡量测序数据质量的一个指标，值越高代表数据质量越好。

3.C

解析：HISAT2是比对工具，不是用于质量控制的工具。

4.C

解析：BLAST是序列比对工具，不是用于RNA-seq数据比对的工具。

5.D

解析：Bowtie2是比对工具，不是用于基因表达量定量的工具。

6.C

解析：RNA-seq数据定量通常使用基于负二项分布的模型。

7.C

解析：差异表达分析中常用的显著性阈值是FDR（FalseDiscoveryRate）小于0.05。

8.C

解析：RNA-seq数据通常采用双因素实验设计，如处理组vs对照组。

9.A

解析：评估基因表达量变化的倍数变化通常使用FoldChange。

10.A

解析：热图可视化通常使用R语言进行绘制。

二、填空题

1.修剪（Trimming）

解析：修剪是去除低质量reads和接