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2025年大学《生物信息学》专业题库——蛋白质结构预测算法及其验证

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、名词解释（每题3分，共15分）

1.蛋白质二级结构

2.模拟退火算法

3.Transformer

4.CASP

5.RMSD

二、简答题（每题5分，共25分）

1.简述基于物理的能量方法在蛋白质结构预测中的基本思想。

2.比较模板同源建模（Template-BasedModeling）和非模板建模（Abinitio/DenovoModeling）的主要区别。

3.AlphaFold2模型引入“物理约束”的目的是什么？这对提高预测精度有何帮助？

4.列举至少三种用于评估蛋白质结构预测结果准确性的常用指标。

5.为什么说蛋白质结构预测结果的最终验证往往需要依赖实验数据？

三、论述题（每题10分，共30分）

1.深入分析AlphaFold2/3模型相较于之前的结构预测方法（如Rosetta或模板方法）在精度和效率上取得突破性进展的主要原因。

2.阐述蛋白质结构预测在药物发现过程中扮演的角色，并举例说明其具体应用。

3.讨论当前蛋白质结构预测领域仍然面临的主要挑战，以及可能的未来发展方向。

四、案例分析题（15分）

假设你是一名生物信息学研究人员，需要为一个新的、长度为300个氨基酸的未知结构蛋白质序列进行结构预测。请描述你会选择哪些预测方法（至少两种），并说明选择这些方法的原因。对于所选的预测结果，你会采用哪些策略或指标来评估其质量？如果预测结果质量不高，你可能会考虑采取哪些进一步的措施？

试卷答案

一、名词解释

1.蛋白质二级结构：指蛋白质分子中氨基酸残基局部的空间排布，不涉及氨基酸残基间的远程空间关系。主要包括α-螺旋（Alpha-helix）和β-折叠（Beta-sheet）两种形式，还有转角、无规则卷曲等。

**解析思路：*考察对基本概念的掌握。回答需包含二级结构的定义、层级（局部）、主要类型（α-螺旋、β-折叠）。

2.模拟退火算法：一种在统计力学中用于寻找复杂系统最小能量的算法，也广泛应用于蛋白质结构优化。其核心思想是通过模拟固体物质的退火过程，在早期允许较高能量的状态（接受较差解），随着“温度”降低，逐渐只接受能量更低的解，最终趋于稳定在全局或局部最优状态。

**解析思路：*考察对核心算法原理的理解。回答需包含其模拟过程（退火）、核心机制（接受概率与能量关系）、在结构预测中的应用（能量最小化/优化）。

3.Transformer：一种基于自注意力机制（Self-AttentionMechanism）的深度神经网络架构，最初为自然语言处理设计。在蛋白质结构预测中，Transformer被用于有效建模蛋白质序列和结构之间的复杂映射关系，能够并行处理序列信息，捕捉长距离依赖性。

**解析思路：*考察对关键前沿技术的认知。回答需包含其基本架构（自注意力机制）、特点（并行处理、长距离依赖）、在结构预测中的角色（序列到结构的映射）。

4.CASP：即“CriticalAssessmentofStructurePrediction”竞赛，是蛋白质结构预测领域权威的国际性评估活动。每两年举办一次，旨在通过公开评估不同研究组开发的预测方法的性能，推动该领域的发展。

**解析思路：*考察对领域重要事件的了解。回答需包含其全称、性质（国际竞赛）、目的（评估预测方法性能、推动发展）。

5.RMSD：即“RootMeanSquareDeviation”（均方根偏差），是衡量两个分子结构（通常是原子坐标）之间差异的常用指标。计算两个对应原子之间距离差的平方的平均值的平方根，用于评估预测结构与实验结构或模板结构之间的重叠程度。

**解析思路：*考察对核心评估指标的定义和含义的掌握。回答需包含其全称、计算对象（原子坐标）、计算方式（距离差平方平均再开方）、主要用途（衡量结构相似性/偏差）。

二、简答题

1.简述基于物理的能量方法在蛋白质结构预测中的基本思想。

蛋白质结构被看作是一个能量系统，其稳定构象是自由能最低的状态。基于物理的能量方法通过构建一个能够描述蛋白质原子间相互作用（如范德华力、静电相互作用、氢键、侧链旋转等）的能量函数（EnergyFunction）。通过迭代计算和优化算法（如模拟退火、蒙特卡洛），在计算机上搜索能量最低的原子排列，从而预测出蛋白质的三维结构。

**解析思路：*考察对物理方法核心概念的把握。回答需包含系统观点（能量最低）、核心工具（能量函数）、计算过程（优化