2025年大学《生物信息学》专业题库—— 生物信息学助力生态环境保护.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学助力生态环境保护

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题

1.在利用高通量测序技术研究水体富营养化相关的微生物群落时，16SrRNA基因测序相比于宏基因组测序，其主要优势在于？

2.以下哪种生物信息学工具或数据库最常用于根据已知基因序列，在基因组数据库中搜索相似序列？

3.进行环境DNA（eDNA）分析以鉴定物种时，通常需要关注样本中哪种类型的核酸标记，其丰度能反映目标物种的存在？

4.在生物信息学中，用于构建物种系统发育关系树的常用方法之一是邻接法（Neighbor-Joining），该方法主要基于什么距离度量？

5.对于保护濒危物种而言，环境DNA技术相比传统捕获调查方法的主要优势之一是？

6.在分析土壤微生物宏基因组数据时，常用的Alpha多样性指数（如Shannon指数）主要反映了什么生态学意义？

7.以下哪项技术或方法通常不直接用于分析生物体对环境污染物暴露后的基因组突变情况？

8.在生物信息学研究中，机器学习算法被广泛应用于预测物种分布时，其训练通常需要哪些类型的数据输入？

9.将环境样本中的所有生物基因组DNA混合测序，然后分析其中的基因功能注释信息，这种方法被称为？

10.生物信息学数据库的API（应用程序接口）主要用于什么目的？

二、简答题

1.简述利用高通量测序技术进行土壤微生物群落分析的基本流程。

2.解释什么是系统发育树，并说明其在理解生物进化关系中的作用。

3.简述DNA条形码技术在物种快速鉴定中的应用原理及其局限性。

4.在生物信息学研究中，什么是多组学数据整合？为什么在环境生态学研究中进行数据整合很重要？

5.描述利用生物信息学方法进行生态毒理学风险评估的基本思路。

三、论述题

1.设计一个利用宏基因组学数据分析长期重金属污染对河流底泥微生物群落功能多样性的影响的研究方案。请说明需要采用的关键生物信息学分析方法及其原理。

2.论述人工智能（AI）和机器学习（ML）技术在环境生物信息学中的应用前景，并举例说明其在解决某个具体生态环境保护问题上的潜力。

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试卷答案

一、选择题

1.C

2.A

3.B

4.D

5.C

6.A

7.E

8.B

9.D

10.A

二、简答题

1.答案要点：样品采集与处理-DNA/RNA提取与质量控制-筛选特异性引物-PCR扩增目标片段（如16SrRNA或宏基因组）-物料制备（如测序芯片）-高通量测序-序列数据质控与过滤-序列比对（与参考数据库或自建数据库）-物种/基因/功能注释-多样性分析（Alpha,Beta）和丰度分析-结果可视化与解读。

解析思路：考查对环境微生物组测序全流程的掌握。需涵盖从样品到结果的各个关键生物学和生物信息学步骤。

2.答案要点：系统发育树是基于共同祖先和后代分化时间（或进化距离）构建的、表示生物之间亲缘关系的一种树状图。作用：直观展示物种或基因的进化历史，推断分类地位，比较不同物种间的遗传差异，理解生物多样性的形成和演化过程。

解析思路：要求理解系统发育树的定义及其在生物学研究中的核心功能。

3.答案要点：原理：选择物种间具有高度保守性和区分度的基因组片段（条形码），通过测序该片段序列，然后将测序得到的序列与已知物种序列的参考数据库进行比对，从而鉴定未知物种。局限性：条形码标记的通用性（并非所有物种都有理想条形码），数据库覆盖度不完整，序列相似性阈值带来的误鉴定风险，难以区分近缘种，对环境样品复杂性和降解DNA的依赖性。

解析思路：要求阐述DNA条形码的基本工作原理，并能够分析其优点和存在的不足。

4.答案要点：多组学数据整合是指将来自不同组学实验（如基因组、转录组、蛋白质组、代谢组）或不同类型的数据（如基因表达数据、环境参数数据）进行整合分析的过程。重要性：环境生态系统中生物响应环境变化是一个复杂过程，涉及多个分子层面和环境因素相互作用。整合多组学数据能提供更全面、更系统的生物学视图，揭示单一组学数据无法反映的复杂调控网络和协同效应，从而更深入地理解生态过程和机制，提高环境风险评估的准确性。

解析思路：要求定义多组学整合，并重点说明其在环境生态学研究中的必要性和价值。

5.答案要点：思路：首先，收集并处理环境污染物暴露组和对照组的生物样本（如组织、血液），提取基因组DNA。其次，利用高通量测序技术（如全基因组重测序）获得两组样本的基因组变异数据（如SNP,Indel）。再次，对变异数据进行质量控制和过滤。然后，比较暴露组和对照组间的基因