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现代计算机第30卷第20期
·8·ModernComputer2024年10月25日
文章编号:1007⁃1423（2024）20⁃0008⁃06DOI:10.3969/j.issn.1007⁃1423.2024.20.002
植物染色质可及性深度学习预测研究综述
吴昭瑞，王舒宇，赵玉茗，于洋，魏金寒*
（东北林业大学计算机与控制工程学院，哈尔滨150000）
摘要：高通量测序技术的发展推动了染色质可及性检测方法的进步，但受限于湿实验的高成本、复杂性，以及植
物细胞特性，植物染色质可及性研究相对滞后。研究人员尝试将植物染色质可及性与生物信息学方法相结合，来探讨
生物信息学方法在染色质可及性数据和预测分析的优势和局限性。
关键词：染色质可及性；深度学习；OCR分类预测
［4］
0引言可以预测DNA相互作用。通过以上结论可以
看出，OCR检测是表观遗传学中一项重要的研
染色质可及性是核大分子与染色质DNA接
究工作。
触的程度，具有高度的动态性，因此检测的过
植物界OCR的研究对育种至关重要，现有
程产生大量数据。染色质开放性与基因表达调
的OCR预测算法基本基于人类或者模式动物数
控密切相关，因为它决定了顺式调控元件是否
据，植物OCR研究领域缺少相关数据的整合和
能够招募转录因子形成蛋白质-DNA复合物，从
预测，仍处于探索阶段，而植物细胞特性是研
而影响下游基因的转录。由于染色质可及性影
究困难的主要原因。OCR测序技术可分为三类：
［1］
响转录因子与基因顺式调控元件的结合，开［5］
酶切法、物理断裂法、甲基化修饰法。这些
放的染色质使DNA能被调控元件接近，从而激
测序技术都伴随着细胞需求量大、实验环境复
活基因表达。全基因组范围内的染色质开放性
杂等问题，因此，将深度学习算法应用于全基
研究对于理解不同植物中关键分子过程有重要
因测序技术已然成为一个好的趋势。本文主要
［2］
意义。生物实验的OCR（openchromatinregion）综述了深度学习在植物OCR预测的运用。
检测方法需要耗费高成本的材料，临床样本在
很大程度上难以进行表观遗传学分析。然而，1染色质开放区域实验数据集的建立
小规模理解复杂疾病的性质审查染色质可及性在研究过程中研究人员构建了针对染色质
分析的进展带来了广泛的临床影响，比如TCGA可及性不同方面研究的数据集，数据集的质量
项目和ENCODE项目以及一些研究人员证实了对于实验的成功起着决定性的作用，
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